教育部駁回管中閔台大校長當選案，要求台大回到校長候選人推薦資格初審階段，台大晚間發表聲明表示無法接受，並指控教育部政治力介入、戕害大學自治。
台大在聲明表示，遴選過程依法行事，遵守各項「迴避原則」及「利益衝突」規範，對於教育部所指「重大行政瑕疵」指控，完全無法接受，並深感遺憾。
台大說，根據「台大校長遴選委員會作業細則」，有規定不得擔任遴選委員的三種情形，遴選委員若有不得擔任委員之事由，或有具體事實足認其執行職務有偏頗之虞者，候選人可以向委員會舉出原因及事實，經委員會議決後，解除委員職務。
台大的聲明中表示，在遴選程序中，並無任何候選人向委員請求解除遴選委員蔡明興的委員職務，蔡明興也不符合三種應當然解除職務的事由，因此蔡明興擔任遴選委員之資格並無問題。而且教育部指派的3位遴選委員，有充份機會參與遴選過程並表達意見，足見遴選程序並無疑義。
台大反控，教育部已逾越百日，遲不發聘，其間更多次以「據報載」之公文，要求委員會回覆，超出正理常規。政治力介入拖延新校長上任，導致台大校務延宕，戕害大學自治，所有紀錄將在高教歷史上永遠留存。