馬總統提拔的法務部長羅瑩雪，多次針對政治或重大案件，隔空「指揮辦案」，但國民黨卻也多次發出新聞稿，逕稱是民進黨「指揮辦案」，完全無視國民黨是執政黨，而在野黨根本沒能力影響檢調的事實，國民黨公然混淆視聽，目無法紀，力挺羅瑩雪指揮辦案。
國民黨台北市長選情告急，因此透過立法院黨團動員法務部、衛福部、審計部、教育部及台大院長等，傾全力以國家機器攻擊無黨籍候選人柯文哲醫師的MG149案，10月8日立法院司法及法制委員會審查法務部預算時，國民黨立委廖正井引用「政府採購法」、「採購人員倫理準則」及公共工程委員會的函釋指出，柯文哲不但訂定葉克膜的招標文件，還是驗收人員，就不能接受廠商餽贈。所謂的「互助金」，除了員工出資外，怎能有廠商的捐贈？羅瑩雪當場回應，「這檢察官應該調查」。但法務部長依法不得干預個案，羅瑩雪卻公然對檢察官要求調查，嚴重逾越權限。
尤其甚者，羅瑩雪依法不得指揮辦案，當然更不可以「選擇性辦案」，但民進黨立委尤美女質詢時要求，既然要追MG149，就要像過去對特別費展開全面普查一樣，就各部會共六千多個私設帳戶去普查，看是否都符合預算規定、沒有逃漏稅問題，而非只針對一個候選人去動用所有黨、府、院、立委的力量，徒然摧毀人民對司法的公信力。但羅瑩雪未就此答覆，擺明告訴檢察官，「辦柯」就好！
事實上，法務部長掌管法務政策，依法不得干預個案，但羅瑩雪卻屢次超越法律界限，涉嫌干預個案、指揮辦案，例如：羅瑩雪也曾公開談論八德合宜住宅案，直指本案牽涉不少相關案子，檢方先偵結哪一部分，就起訴哪一部分，不要等全部辦完再起訴，意指應先起訴八德合宜住宅案，此時前桃園縣葉世文案北檢還在偵辦，羅瑩雪公開定調說「與吳志揚無關」，這就是明顯的指揮辦案。
而羅部長的指揮似乎有效，北檢後來對葉世文依貪污罪起訴，但是檢方只辦到葉世文就偵結，沒有進一步往上追究，結論與法務部長羅瑩雪前一個月率先定調的「案情與桃園縣長吳志揚無關」一致，當然令人質疑北檢是否受到法務部或其他高層壓力，導致案件「辦不上去」。
此外，太陽花學運期間，羅瑩雪也公開宣稱，對於學生的不法「不能視而不見」，北檢果然大動作傳喚學生，甚至當街拘捕台大學生，但323政院血腥鎮壓，國際譁然，這些以警棍把手無寸鐵的學生、醫生、老師打得「頭破血流」的兇手，一個都不用找，也不用法辦，可以想見羅瑩雪指揮辦案的能力，為什麼值得國民黨力挺。但值得慎思的是，台灣好不容易享有民主法治，人民是否容許國民黨踐踏司法，走回過去威權時代獨裁者干預個案的老路！