教育部決定駁回台大遴選管中閔出任校長後，出現清大發起429宣言及台大綁黃絲帶等挺管的行動，除了高喊校園自治，還有「黨政軍退出校園」、「新五四運動」也都出籠。中研院研究員張茂桂在臉書發表一篇文章，質疑「戒嚴時代的公共知識份子，現在還生活在戒嚴時代嗎？還『黨政軍退出校園哩』？！」
包括劉兆玄、劉炯朗、陳力俊、賀陳弘等4位前後任清大校長發起的清大429宣言，批判台大校長遴選案荒腔走板，把箭頭指向蔡英文總統，要求教育部收回此次台大遴選事件的成命、修法由遴選委員會決定各大學校長人選，最後還說要「落實黨政軍退出校園，還給校園乾淨自主的空間」。
長期研究台灣族群與國家認同、社會運動等議題，曾為澄社成員的張茂桂在臉書貼文開頭，便質疑「現在還生活在戒嚴時代嗎？還『黨政軍退出校園哩』？！」
張茂桂指出，當今校園所謂政治問題，包括至少三大主軸，一是教職員與師生的政治參與網絡；二是校園內資源分配的政治問題，往壞處想就是朋黨政治；三是大學本身擁有公共性資產，都會被政黨、民代、官員、輿論等問責。
張茂桂表示，所以大至校長遴選，小至教授命題命得恰不恰當，這三個政治主軸都會伺機自動發作，屢見不爽。有人幻想大學還是高來高去的自由人的象牙塔，硬扯上黨國時代一黨專政的黨政軍問題，真是不知今夕是何夕。
他說，當今大學的最大問題，是在全球知識經濟、資訊與生醫產業競爭的壓力下，逐漸喪失了學術的非營利性與公共性的問題；國家鼓勵產官學合作，合作從市場利基操縱學術研究方向，財團知道要投資實驗室，趁早與教授進行育成與創投，獲得智慧財產權的先機，而學校要將課堂變成白領技術工或創業者的培訓所，不惜減少人文與社會科學資源並予以裁併減招。
張茂桂同時也重話批判，有空不妨翻翻「高教崩壞」這本暢銷書，正因為如此崩壞，「現在的大學教授，太陷於個中的朋黨以及『產學合作』的利益問題，早已把大學存在的基本價值給拋棄了」，所以「他們都（明智地）選擇不出聲」，這是避免自我揭露風險的最佳選擇。
對於部分挺管人士喊出「新五四運動」，表示將在5月4日舉辦遊行、燭光晚會，抗議教育部的「拔管」。張茂桂則反問「這和恢復『五四精神』（愛國主義＋自由主義＋共產主義？）有什麼關係呢？邏輯有通嗎？」