針對義美食品總經理高志明發文向行政院長毛治國陳情，指義美南崁廠遭衛福部稽查後，還通報中國大陸「國家質檢總局進出口食品安全局」，將義美產品列為「風險預警」通報，暫停受理義美所有食品進口報驗。衛福部食藥署今天否認通報中國大陸，強調義美違規產品沒有出口紀錄，食藥署未通報中國大陸稽查結果。
食藥署今天強調，未違常稽查義美，義美的違規產品並無出口記錄，所以食藥署並未透過任何管道通報中國大陸，不過，食藥署會透過兩岸正式管道，依照程序、溝通，協助義美卡關一事。
義美食品總經理高志明，7月13日行文行政院長毛治國陳情，指衛福部稽查到義美南崁廠冷凍庫庫存逾期9年的商品後，還連夜通報中國大陸「國家質檢總局進出口食品安全局」，導致中國大陸在7月5日，將義美生產的各類產品列為「預警產品」。
高志明的陳情函文指出，懇請毛揆指示衛福部明文訂定食品查核、公告及處分等作業標準，避免少數公務人員因為「立場不同」，受政治操作影響，造成人民權益受損，打擊外銷，損害企業投資意願。
高志明表示，7月2日衛福部以辦理「低酸性食品工廠」稽查為由，指示桃園市衛生局配合，浩浩蕩蕩一行10人到義美南崁廠稽查，過程中稽查人員在低溫冷凍中一箱箱查核，發現冷凍庫內有倉儲人員未依公司規定標準作業流程報廢的逾期產品，處處可見衛福部官員「小題大作」。
高志明還指出，衛福部公告今年稽查國內26家咖啡飲料製造工廠，然而，稽查作業從今年5月中進行，7月9日才公告，衛福部給違規廠商改善機會，食藥署還為業者掩過，強調「生產工廠被查出髒汙、病媒，這些違規缺失不算嚴重，可以快速改善，這些業者也已改善。」
但是，高志明認為，衛福部對義美的稽查行動，從7月2日上午9點進廠開始，到3日上午8點才結束，歷時近24小時，迫使承辦人員配合加班，連續工作27、8小時，嚴重違反勞基法，且不給義美解釋機會，立即對外公告，向媒體公布訊息。
食藥署北區管理中心副主任王德原今天表示，食藥署與桃園市衛生局人員7月2日到義美南崁廠執行「非酒精性飲料製造稽查計畫」，當時一行共6人，意外在下午6時許發現該廠冷凍成品倉庫有大量逾期食品共29項計1699件，及未來食品共1項3批計192包，食品數量龐大，且存放於零下25度環境，清查作業不易，經桃園市府衛生局稽查人員回報後，加派4名人員前往支援，約晚上9時抵達，總人數才為10人。
食藥署表示，當時有請義美人員提供違規品項庫存月報表、進銷貨出入庫資料、銷毀紀錄等資料，不過，義美人員表示因生產製造品項眾多、電腦系統老舊，且對會計帳冊管制嚴格，另內部受檢人要逐層請示上級授權，再逐件提供品項帳冊，因此，查核時間冗長費時，取得完整的品項帳冊時，已是隔日早上8點。
王德原表示，在零下25度環境中作業，酷寒可想而知，義美當時「連外套也不願借給稽查人員」，所有人邊發抖邊工作，後來桃園市衛生局增派人手同時多帶幾件禦寒衣物，稽查得以持續進行。食藥署強調，徹夜查廠非針對義美，過去也有其它案件，因收集相關事證而有徹夜稽查的情況。
對此，義美食品公關主任趙季堯表示，當日稽查計畫並非針對冷凍成品倉庫，冷凍成品倉庫工作人員穿的是工作服，沒有事先通知的情況下，就不會特地準備外套。
針對高志明指衛福部稽查使義美承辦人員不得不加班，連續工作27、28小時，王德原回應，只要帳冊等需配合細節能清楚交代，食藥署稽查並未要求廠方人員不得輪班。
高志明指衛福部向媒體公布查廠結果的速度太快，王德原說，稽查後該何時發新聞稿，由地方衛生局決定，不過，以國人目前對食安的要求，若發現重大違規，且有具體事證，又為知名大廠，發布新聞稿應無延宕過久的空間。
至於，高志明指衛福部人員連夜通報中國大陸政府，導致中國大陸在7月5日將義美各類產品列為「預警產品」，暫停受理義美所有食品進口報驗。王德原說，食藥署從未通報陸方此稽查結果，認為中國大陸應是關注台灣食安報導，自行啟動應變措施。