前總統府祕書長林碧炤10月19日請辭後，秘書長一職迄今懸缺，根據消息指出，環保署長李應元呼聲高，希望藉由他的人脈溝通府院黨事務。
根據《上報》報導，有知情人士透露，李應元接掌環保署後，屢受高層託付處理重大環保議題，協調中央與地方政府的歧見，受到總統蔡英文的信任。據悉，在新政府上台前，蔡英文徵詢過李應元出任府祕書長意願，不過當時李應元希望爭取駐美代表而予以婉拒。
不過對於這樣訊息，總統府今天下午出面澄清並非事實，同時說這樣對當事人不禮貌，並指總統一旦確定將對外宣布。
總統府代理秘書長劉建忻在立院備詢時表示，「總統府秘書長不是我」。而據消息指出，總統的確還在徵詢人選當中。不過也非先前傳出的民進黨智庫執行長邱義仁。
據了解，如果蔡英文要在明年1月中出訪，那麼12月中旬，公布總統府秘書長是一個可能的時機點。