前陸委會副主委張顯耀被請辭案，馬總統繼昨天評為「像啄木鳥啄害蟲」，今（29）日再度公開評論，說此案是兩岸大勢中「一個小的波瀾」，將對此案秉持毋枉毋縱的態度來處理，馬總統並表示將繼續推動兩岸關係，但一定要在「非常有效、相互尊重」的前提下，處理兩岸關係。
馬總統今天上午主持國防部「軍人節暨全民國防教育日表揚活動」，在致詞時，發表了約20分鐘的談話，在最後幾分鐘突然脫稿，針對近來造成政壇紛擾的張顯耀案發表談話，似有對張案在兩岸關係影響的程度定調。
馬總統針對張案談話部分如下：
「最近發生的一些可能涉嫌洩密的案件，只是兩岸關係發展大勢當中的一個小的波瀾，我們一定秉持著毋枉毋縱的態度來處理，中華民國政府是一個重視兩岸關係的政府，我們繼續推動兩岸關係，但一定要在一個非常有效、而相互尊重的情況下來做，才能夠真正做到以台灣為主、對人民有利。
「我們的立場非常的清楚，在中華民國憲法的架構下，維持台海不統不獨不武的現狀，並且在九二共識一中各表的基礎上，推動兩岸的和平發展。」