都說藍綠惡鬥，綠營不理性，造亂立法院。318藍委乾脆展現多數「實力」，來一下30秒通過黑箱法案。昭示國人，當「立法院也是我們開」的議事效率。但是台灣已經過民主的洗禮。二十來歲的青年學生，正好經歷較完整的民主洗禮。他們發現這不是民主的體現。國會已被特定政黨所把持，國會已失能。眼看體制的監督制衡被剝奪，他們勇敢地出來佔領國會。國際重要媒體包括NEW YORK TIMES、BBC、NHK都將之定調為學生「守護台灣民主的運動。」大學校長與中研院的學者，用聲援或行動相挺。
當這股突來的導正衝力既過峰頭，國民黨便放出黑白實力：有馬大姐的黑道大哥、軍頭、企業頭頭、國民黨立委。他們殺回頭，更見力道。被說失能的國會議員，立法院司法及法制委員會國民黨召委呂學樟乾脆指說，「若中研院績效不彰…可考慮廢除。」借考察之名，行白色恐嚇之實。
資深媒體人盧世祥先生，在《李遠哲與台灣首次政黨輪替》一書中指出：李遠哲博士回台出長中研院不久，即指出，「台灣正走在往上提升或向下沉淪的抉擇點上。」他不僅致力要將台灣的科學及學術，提升與國際水準齊平，還積極投入教育改革、九二一地震災後重建等公共事務。他更呼籲「學術界的人，不要讓政治家拖着你走，而是要依人民利益，發起一股力量，帶領政治家，向你要的方向走。」
前中研院院長胡適，在五四運動時，高舉「民主、自由、科學」的標竿。1957年他應蔣介石之請，出任中研院長。蔣致詞時，稱讚胡適是「中華文化傳統的代表。」沒想到胡當面回應說，「我要更正一下，我是主張全盤西化的。我不是中華文化傳統的代表。」蔣氣得半死，回去對著日記痛罵說，胡適是「卑鄙的投機政客。」 中研院傳凌然鐘聲。
在太陽花運動當時，翁啟惠院長呼籲馬英九要聽學生的訴求，因為他們不是為自己，是希望國家更好。請馬了解學運背後的原因。對研究員參與學運，他認為是民主國家的言論自由範疇所容許的。台灣的中研院，不失學界清流的風骨，是為政府導航的霧裡鐘聲。