行政院會日前通過「農田水利會組織通則修正草案」，將農田水利會改制為公務機關，將來不再選舉農田水利會長，立法院明天將表決是否付委審查，農委會前主委陳保基、彭作奎都持反對立場，陳保基更批評，這不但是政治掠奪，也將造成「農業水權的災難」，對此，農委會今（14）日晚間回應，農田水利會升格公務機關後，依水利法規定，絕對是民生用水優先，接著是農業用水及工業用水，水權不會因升格而有改變，「將依法捍衛農業水權」。
農委會今晚召開臨時記者會，副主委陳吉仲及李退之等人針對外界疑慮說明，有關農田水利會資產部份，陳吉仲表示，外界認為765億元的現金和不動產都將收歸國有，「這完全不對」，改制後，將編列經費挹注農田水利基礎建設，水利會的現金、非水利事業用資產將成立特種基金，其收益及盈餘將專款專用在農田水利事業，辦理渠道改善及清淤，並無政府侵佔民產的情形，工作站及水利小組也將維持原有運作方式。
陳吉仲說明，農田水利會升格改制納入未來農業部農村及農田水利署運作，和水利署同樣為中央三級機關，並沒有降低層級疑慮，此外，農田水利會既已納入公務機關，其首長就是政府機關公務員，「沒有官派這件事情」。
陳吉仲指出，不管外界對農田水利會升格有任何非專業的想像，就農委會而言，就如同林聰賢主委所說，這是一個很單純的好事。
農委會強調，農田水利會改制升格為公務機關後，對過去曾發生農田水利會選舉只有A4紙張大小農地會員即可投票、農業從業人員結構改變造成的選舉投票率偏低，易受地方派系操弄選舉，無法實際反應農民心聲等不合理現象，可望獲得徹底解決。