法官、檢察官評鑑制度實施已將近三年，原本寄望的究責與淘汰機制，目前看來似乎已然落空。尤其就檢察官的個案評鑑，檢察官評鑑委員會（檢評會）卻常以超過兩年時效為由，而駁回司改會、律師公會等的提案。如此的作法，不僅嚴重誤解了法律的規定，亦將使檢察官個案評鑑制度的功能完全喪失。
這幾年，關於檢察權行使，最讓人詬病者，即在於濫權追訴。而根據刑法第125條第1項第3款，針對檢方的此種濫權行徑，是可處一到七年有期徒刑的罪責。只是條文僅限於明知為無罪之人而使其受追訴或處罰之情況，要件相當嚴格，欲成罪的可能性自然也偏低。如以被判無罪確定的案件來看，檢方即可動輒以法官見解不同、僅是舉證不足之疏失等理由為搪塞。凡此種種，就只能認定是過失，或者是有不確定故意，要難稱得上是屬明知的故意。
更重要的是，在起訴權限仍由檢察官寡佔下，實也難期待檢察體系的自我為究責。更糟的是，由於此等罪名，依照司法實務的見解，竟認為是侵害國家法益的犯罪，致無被害人存在，故被檢察官濫權起訴的被告，也因此無法提起告訴或自訴，以來對檢察官為事後的究責。而因依據國家賠償法第13條，僅有檢察官犯有職務上犯罪且有罪確定，才能聲請國家賠償，故刑事究責的困難，也將使國家賠償的提起，幾近於不可能。
所以，在對檢察官濫權訴追的刑事究責有重重阻礙下，就只能依賴行政懲戒的方式來彌補。而公務員懲戒法第25條第3款，對於違法失職行為則設有十年的懲戒時效，此就一般公務員而言，並無太大問題，但於檢察官卻可能出現懲罰的漏洞。因檢察官是否濫用訴追權限，往往必須等到案件終結或判決確定，才足以判斷。而以台灣目前的審判實況，案件從起訴至定讞，往往曠日廢時，尤其是重罪，如殺人、貪污等犯罪之審理，超過十年者，所在多有。若果如此，則刑事被告在經過漫長的審判過程後，好不容易獲判無罪確定，欲可能因懲戒時效已過，致無法對檢察官為行政懲戒。
而在法官法實施後，藉由對檢察官的個案評鑑，似能來彌補公務員懲戒法的時效缺陷。只是依法官法第36條第1項，對個案評鑑之請求，必須在兩年內為之，也就是說，法官法的評鑑時效竟比懲戒時效還要短，致使司法人員比其他公務員獲得更大的保障。更慘的是，此短短的兩年時效，按理應從案件判決確定時起算，卻被檢評會解釋為，須從檢察官辦理案件終結就起算。但問題是，在案件未為確定前，被告怎可能，又怎敢對檢察官提出評鑑之申訴呢？而若等到判決確定後才提起，卻肯定罹於評鑑之時效。所以，此等錯誤的解讀，已足使對檢察官的個案評鑑制度形同虛設。
針對檢察權的濫用，雖有刑法第125條的濫權追訴罪為究責，但由於此條文的要件十分嚴格，成罪的可能性幾近於零，原本為保障檢察權獨立行使的條文，反成為濫權訴追者的護身符。而也因刑事究責之困難，才突顯出行政懲處之重要性，只是原用以防止司法濫權的法官法，其規定的內容竟比一般公務員還要寬鬆，若不儘速檢討與修正，此規範就注定成為法官、檢察官的保護法。