台北市長郝龍斌前兩天才二度和總統馬英九一起陪國民黨市長參選人連勝文掃街，營造團結氣勢催票，不過，台北市政府教育局卻在此刻槓上中央的教育部。北市教育局今（1）日痛批教育部「確實在伸黑手，破壞地方自治」。
教育局批評，教育部利用通知管道的時間差及通知對象的選擇性，「確實跳過地方政府，要直接向基北區免試入學推動工作小組成員下指導棋」，更痛批教育部越俎代庖、直接向基北區免試入學推動工作小組成員下指導棋的行為，正在破壞地方自治基石，「要表達最嚴正的抗議」。
由於連勝文之前也數次因十二年國教入學等事，將矛頭指向中央，在選前不到30天顯得格外敏感。
教育局長林奕華指出，教育部搶在基北區會議之前先約見小組成員的校長、教師代表，主持人是國民及學前教育署署長吳清山，昨天事情曝光後還一度否認。她質疑，如果有爭議的是高雄或台南，教育部敢這樣做嗎？會引發多大的政治海嘯？
林奕華強調，教育部只有事後備查或不備查權，不應該在這個時間點約見基北區成員。
教育局發現，教育部昨天下午約3至4時，透過教育部十二年國教專案辦公室人員，先分別以電話通知基北區三市免試入學推動工作小組校長及老師成員，參加由國教署署長將於3日星期一上午9時30分主持召開「104年基北區免試入學作業要點分析說明」的會議。
教育局指出，昨天教育局局長及相關業務承辦同仁，確實均未收到教育部邀請基北區三市教育局處出席與會的通知，而且在昨天下班前也未收到教育部十二年國教專案辦公室的電話或e-mail通知。
教育局稱，教育部十二年國教專案辦公室人員，接著於同(31)日下午5時14分，再以e-mail方式通知基北區三市免試入學推動工作小組校長及老師成員，在e-mail中並夾附教育部內部存參用的103年10月31日開會通知單抄件，此可做為證明3日(一)上午召開會議的真實性。
教育局進一步指出，開會通知單抄本中，三市教育局處只列為副本收受者，從公文的意涵可知，三市教育局處是被告知性質而非被邀請出席，且以會議在週五(31日)晚上才發出通知，隔天（工作天）週一上午即舉行會議的實情而言，「三市教育局處只能是事後被告知」。
教育局以會議通知證明，教育部在基北區召開免試入學推動工作小組會議前，確實將黑手伸入法定地方自治事項，直接越過法定程序與地方權責，有分別就基北區免試入學推動工作小組成員進行約見、跳過地方政府的行為，破壞地方自治憲政體制；「難以想像如此事發生在高雄或台南，會引發何種程度的政治海嘯」。
教育局並強調，基北區免試入學方案審議與相關程序，教育部應確遵「高級中等學校多元入學招生辦法」第6條第一款之規定，由地方依法定程序，召開基北區免試入學推動工作小組會議做成的決定，不應將黑手伸入地方。