台化彰化廠爭議越演越烈，環保署長李應元上週五和台化高層及彰化縣長魏明谷在環保署會談，遭環團批評是黑箱作業、搶當「公道伯」維護財團，李應元12日晚間接受電視專訪時表示，他擔任台化和彰化縣府的協調角色，是行政院長林全交代的。
李應元、彰化縣長魏明谷與台塑副總裁王瑞華，針對台化彰化廠許可證爭議一事，7日在環保署舉行三方會談，環保團體痛批環保署失格失職，以密室協商的政治手段維護財團，讓加害的財團和環保署及縣府官員平起平坐，受害者卻不能參與會議。
李應元12日晚間參加三立電視《新台灣加油》節目時表示，他擔任雙方協調的角色，是10月2日星期天林全交代他的，大家可以去問行政院發言人徐國勇、行政院副院長林錫耀，也可以向林全求證；10月4日林全在立法院答詢時提到，台化案牽涉到環保與就業的問題，希望兩者都可兼顧，中央會擔任協調角色，這當然是院長授權的。
李應元說，因這個事件和環保加嚴排放標準有關，因此林全交代他處理，至於外傳是蔡英文總統交代他協調，李應元回應，蔡總統沒有交代，但府院是一體的。
此外，有關媒體人吳子嘉指控他在9月25日和台化高層在台中密會一事，李應元在節目中出示他9月24、25日的活動照片，指他在24日出席了婦女團體募款餐會，他坐在呂秀蓮前副總統旁邊，25日拜會彰化縣前縣長翁金珠，還和翁金珠一起吃肉圓，大家可以去翁金珠的臉書求證。
李應元出示活動照片，反駁吳子嘉指他的密會台化的指控。圖／翻攝自三立電視
李應元秀出活動照，強調人證、物證都有了，辯論要有證據，希望吳子嘉也提出證據，並道歉，否則會提告，主持人廖筱君詢問，是否有在其他時間見過台化高層？李應元重申，他從政多年，當行政院秘書長時，見產業界和社會界人士都是公開的。
針對夫人黃月桂教授曾在台塑集團的長庚大學任教的質疑，李應元澄清，他的妻子13年前就離開長庚大學，有任何倫理爭議，絕對可受公評；至於他的弟弟在環保公司任職，則是6年前就在那裏了，他是意外接任環保署長，但他以擔任環保署長為榮。