國內禽流感疫情趨緩卻已經付出慘痛代價包括：禽鵝撲殺數量高達數百萬隻養鵝產業幾乎全軍覆沒，補償與撲殺等費用高達數十億元，防疫機制大破功等，民眾要問的是官員與飼主有因此而學到寶貴教訓嗎？而引爆此次重大禽流感疫情的真正原因為何？是候鳥？走私？本土演化？境外攜入？…多數民眾並不知情，政府主管部門有義務要做清楚交待，給民眾與農民機會教育，畢竟抗疫視同作戰，要有「勿恃敵之不來，恃吾有以待之」的準備；從風險管理角度此次禽流感疫情政府相關部門應變能力確實有很多需要檢討改進之處，無需掩飾太平。
獎懲不是整頓紀律唯一卻是必要手段。從過去發生多次禽流感、口蹄疫、狂犬病等重大疫情的經驗發現，一旦疫情過去後，官員多不會認真檢討缺失加以補正也很少有官員主動負起責任（官員先前承諾一個月控制疫情早跳票），正因為沒有傷痛所以容易遺忘，讓災難如影隨行成為國人的夢魘，若還是依循過去船過水無痕的心態，那麼更大的災難將隨時降臨屆時受害的何止雞鴨鵝；而從此次禽流感肆虐政府一再錯失先機，過程慌亂、中央地方互推責任等皆曝露出台灣在動植物與衛生防疫體系必須大翻修，更需要建立一套早期辨識風暴的預警系統才能將病毒阻絕於境外。
養鵝產業即將進入復養階段需要靠飼主與政府通力合作，而農委會為因應未來禽流感可能再度來襲，除了要求禽主須接受教育訓練並通過考試外（效果有待評估），亦要求所有養禽場，要將禽舍改建為非開放式或密閉式，以杜絕未來候鳥帶來病毒。儘管立意良善，但是因為需要投入改建經費，增加負擔部分飼主有異見（國內水禽養殖有八成以上屬開放式禽舍且多數屬於小型鵝場），特別是畜試所採用高規格水濂式密閉式禽舍、完善防鳥設施與人員進出消毒管制狀況下，高規格所飼養「哨兵雞」仍感染禽流感，更讓飼主質疑該養殖模式的防疫效果，政府部門應該以更大的耐心，更多的實例來說服飼主配合並備妥離退方案讓無力或不願再繼續經營的飼主樂於離開，而不是硬性而為增添民怨。
預防重於治療是防疫基本守則，國外專家皆認為下一波流感大流行已經不是會不會爆發而是何時爆發以及如何因應的問題，為此先進國家無不繃緊神經全力防範並不斷進行沙盤推演改進缺失，希望將傷害降至最低。試問如果能有機會在付出代價龐大甚至無可挽回的錯誤決策前，先在一個無風險的環境下預覽這些決策的可能後果預做修正，台灣官員為何不善加利用這個機會呢？抗疫沒有捷徑需要有睿智的指揮官能知人善任（充分發揮戰力）並善於協調整合（不會中央地方互槓），才能打好這場持久戰役，這恐怕才是這次禽流感疫情帶給我們最大的教訓與體悟！