1984年，黨外雜誌《蓬萊島》刊出一篇文章，指出東海大學哲學系主任馮滬祥「以翻譯代替著作」，撰寫《新馬克思主義批判》一書。《蓬萊島》雜誌社在刊出這篇文章前，曾經邀集「北美洲台灣人教授協會」七位教授評鑑，以一百多頁報告書，舉出四十四個例證，聯合指出馮滬祥的著作確實「以翻譯代替著作」。然而台灣高等法院早已用政治手段來審判「蓬萊島案」。馮滬祥因此而具狀控告《蓬萊島》雜誌社社長陳水扁、發行人黃天福以及總編輯李逸洋三人誹謗。此後，黨外人士便以「蓬萊島三君子」來稱陳水扁、黃天福、李逸洋三人。
1985年11月16日，陳水扁代表黨外參加台南縣長選舉高票落選，過兩天之後11月18日阿扁夫婦，在台南縣關廟沿街謝票時，吳淑珍女士遭鐵牛車衝撞，下半身被輾壓過去受重傷。
1986年5月23日，陳水扁的「蓬萊島雜誌誹謗馮滬祥案」宣判。黨外人士不服法院判決，舉辦全島坐監惜別會，從台南縣關廟鄉山西宮開始舉辦第一場「一人一元、輪椅行軍」。反對國民黨的情緒一波波地被激起。5月30日，高等法院判決：被告陳水扁、黃天福、李逸洋等三人有期徒刑八個月確定，並附帶民事賠償新台幣二百萬元給原告馮滬祥。6月9日，他們三人更以「提前入獄」的方式，挑戰國民黨的司法體系。
1986年5月，「新觀點」周刊創刊號，報導「一人一元、輪椅行軍」。黨外雜誌提供：鄭南榕基金會
1986年6月，「自由台灣」周刊創刊號，報導「蓬萊島三君子」坐監。黨外雜誌提供：鄭南榕基金會
在台灣民主運動過程中，1987年是一個重要的分水嶺。在這一年裡，美麗島事件受刑人陸陸續續被釋放出來，1987年2月10日蓬萊島三君子陳水扁、黃天福、李逸洋在數百群眾熱烈歡呼下，坐監八個月出獄，踏出土城看守所，陳水扁出獄後擔任時為立委的吳淑珍女士之特別助理。
1987年2說10日「蓬萊島三軍子」出獄，佩戴花圈者，左起李逸洋、陳水扁、黃天福。
1987年2說28日，陳水扁在台北市永樂國小的「二二八和平日演講會」上，他高舉右手公開宣布加入民進黨。
陳水扁和鄭南榕一樣，在獄中的他沒有親逢民進黨的成立，民進黨各地的縣黨部亦逐一成立，陳水扁出獄後隨即參加1987年「紀念二二八事件四十週年」紀念活動，這是他出獄後的首度和群眾會面，陳水扁在台北市永樂國小的「二二八和平日演講會」上，他高舉右手公開宣布加入民進黨，陳水扁說：「我阿扁不會讓大家失望，因為越關越勇」，現場數萬群眾見證陳水扁加入民進黨。3月29日民進黨舉辦第一屆第一次全國黨員代表大會，補選中執委，陳水扁、姚嘉文當選中執委。
陳水扁加入了民進黨後，1989年，當選台北市立法委員，在國會的表現十分優異，不斷的揭發「國民黨」的弊案，連任兩屆立法委員。1994年，當選台北市市長；1998年，尋求連任失敗；2000年，代表民進黨參選總統，擊敗連戰與宋楚瑜，民進黨在他的領導下，爬上了前所未有的高峰。2004年，有驚無險再度擊敗連戰當選連任到2008年卸任。目前因案保外就醫，居住在高雄市。