針對今台北市政府廉政委員會，指控總統馬英九在台北市長任內，於大巨蛋案議約過程中涉嫌圖利廠商，而決議將馬英九移送偵辦，馬英九對此表示「強烈遺憾」。總統府方面更質疑，大巨蛋案體制內的市長與法務局長都說「合法」，體制外的廉政會憑什麼還堅持要移送？
總統府發言人陳以信轉述，馬總統強調擔任台北市長時，所作所為全是依法行政，為台北市民福祉著想，「從來不曾圖利任何廠商，可以接受外界最嚴格檢驗」；柯市府透過體制外的廉委會將馬英九移送法務部，是刻意「政治迫害」入人於罪的舉動。
陳以信反嗆，廉政會在進行大巨蛋案調查時，全然不曾考慮政治迴避，以致調查過程遭外界質疑是「政治辦案」。尤其是廉政會中負責調查大巨蛋案成員，一位曾是扁案律師，一位曾是謝長廷助理，一位曾是陳菊辦公室主任，政治立場非常清楚，使得調查結果給人高度政治性聯想。
陳以信指稱，這已經嚴重傷害廉政會與台北市長柯文哲的公正性與公信力，此絕非台北市民之福，「柯市長必須向台北市民提出解釋」。
台北市政府廉政透明委員會今（8）日下午召開大會，大巨蛋案組召集人律師鄭文龍表示，針對大巨蛋案，廉政委員會做出三點決議，第一是要將前台北市長馬英九以及前財政局長李述德，移送法務部偵辦，因其涉嫌重大圖利，近日內市府也會正式發函要求馬英九以及李述德說明。
廉政會指控，馬在與遠雄議約的過程之中，可能涉及圖利遠雄千億元。
針對廉政會決議移送馬英九，陳以信立即強烈駁斥。他指出，大巨蛋案發展相關事實都很清楚，當時馬市長並未與趙藤雄董事長密會，也無密約，後來馬市府因遠雄變更協力廠商而主動廢約。
陳以信重申，如果不是行政院工程會三度撤銷馬市府的廢標決議，遠雄還向行政法院提出「假處分」不讓馬市府重新招標，後來大巨蛋怎會由遠雄興建？如此過程充分證明當年馬市府與遠雄絕對沒有合謀圖利的關係。
陳以信指出，柯文哲市長上週就說過大巨蛋案「合法」，台北市政府法務局長楊芳玲昨天也在台北市議會專案報告中，親口承認大巨蛋案「合法」，認為大巨蛋「合約本身合法性無問題」。
陳以信批評，既然市府身為委託人，而且是體制內的市長與法務局長都說「合法」，廉政會憑什麼還堅持要移送？體制外的廉政會今天非要移送檢調偵辦不可，不只是逾越體制「違法濫權」，根本還是「先射箭再畫靶」，刻意「政治迫害」入人於罪的舉動。