3月23日反服貿民眾攻占行政院，外傳行政院怪罪警政署長王卓鈞佈署不力，有意撤換，王卓鈞今(26)早赴立院備詢時表示，現在不是談下台的時候，但等事件告一段落，「有關警察的事，該負的責任我會負」。
立法院內政委員會昨日變更議程，要求行政院秘書長李四川、內政部長陳威仁與王卓鈞，到院專題報告並備詢有關「3月18日至今反服貿學運活動之警力維安勤務檢討」及「3月24日清晨警方在行政院強勢驅離學生導致流血衝突事件」。一早立院內外即出現大批警力層層把關，遭民進黨立委譏諷有如戒嚴。
由於傳出對於政院被攻占，高層震怒，王卓鈞將丟了烏紗帽，因此當他一到立法院即遭大批媒體包圍。
王卓鈞表示，外界質疑當日行政院內只有40名駐院警，是錯誤的資訊，當日院內總共有200名員警待命，對比於國外類似狀況，警方的執法動作可能不像我們會事先約束勸阻；身為國家公務員，談責任他可以接受，不過到目前為止，總統及行政院長並沒有責備他督導不周，而現在不是談下台的時候，等到事件告一段落，有關警方的事，該負的責任他會負。
他並提出四4點說明表示，3月23日晚部分不理性的群眾不聽警方勸阻，用毛巾、棉被破壞拒馬等阻絕器，嚴重挑戰法治國家公權力及社會秩序，基於國家政務不容癱瘓，身為警政署長，他責無旁貸要維持秩序，因此立刻通知台北市警局局排除狀況。
對於當晚及隔日清晨的強制驅離行動，造成55位民眾及119名員警受傷，他感到遺憾與不捨，並對此事造成全國人民受到影響表達歉意。
王卓鈞說，幾年前擔任台北市警局局長時，也曾在2007年的4月10日，出動噴水車等對凱達格蘭大道上的抗議群眾進行驅離，事後獲得當時行政院長游錫堃的讚揚。他強調，身為國家的警察、人民的警察，必須嚴正執法，不會因執政者不同而有不同的標準。
他也強調，當日逮捕的36名現行犯中，18名是學生，18名是民眾，因此抗議群眾中不乏社會人士；希望立院內外的學生及民眾，仍然保持理性與自制，讓抗爭和平結束，警方會尊重立法院的決定，維持立院內外的安全及秩序。