反黑箱課綱學生闖教育部當天，警方堅持逮捕學生、記者，現場指揮官、台北市中正一分局長張奇文第一時間對外表示，是受檢察官指揮，台北市長柯文哲對外回應也說，逮捕一事是檢方負責。但是，警方昨天提出的報告中，完全未提檢察官指示或指揮的說法。
依據當天時間媒體的報導及府的回應，都指中正一分局長張奇文表示，教育部報案後，已是刑案現場，不屬集會遊行，教育部明確的跟警方說，侵入教育部者一律要提告，警方也請示檢察官，檢察官說只要教育部提告，都要移送法辦。
台北市長柯文哲今（24）日早上媒體採訪時也表示，教育部去報案，當作現行犯來控告，警察就當現行犯逮捕，逮捕後檢察官介入，檢察官拿到指揮權以後，其實現場的警察也是在檢察官的指揮下辦案。
不過，警方27日提出的「0723反黑箱課綱專案」檢討報告中，並沒有再提到檢察官指揮辦案，或第一時間向檢察官請示等說法。
警方的檢討報告表示，「中正第一分局獲報後，該分局張分局長奇文立即指示與調派所屬夜間服勤之正（副）所長及員警約30名警力，陸續趕抵現場處置，並趕赴現場擔任指揮官，由於本案係屬刑事案件，逐依刑事訴訟法之規定，於24日0時10分，進行危害排除及刑事案件強制作為，逮捕非法入侵教育部之犯罪嫌疑人。」
警方的報告所提逮捕學生及記者的理由，僅稱「經查教育部當時周邊圍牆均以鐵拒馬、蛇籠作為安全防衛，欲進入教育部者，均應通報教育部人員放行，該等非法入侵均涉嫌刑法第306條無故侵入他人建築物罪；破壞建築物內物品之群眾，另涉有刑法第354條毀損罪，故警方到場後均依刑事訴訟法第88條規定，以現行犯逮捕」。
至於檢察官的出現，則是在24日上午9點50分，「臺灣臺北地方法院檢察署謝姓等4名檢察官，於24日9時50分抵達保安警察大隊，複訊22名成年嫌犯」。整個報告內容，顯示當天是現場指揮官認定為刑事案件便直接逮捕 ，與24日上午第一時間警方的說法顯有所出入。