總統府今（10）日表示，總統馬英九已同意中研長翁啟惠請辭，並將指派副院長代理，對此，民進黨發言人楊家俍表示，距離馬總統卸任只剩短短九天，為何會拖延這麼久，總統府恐怕應該對外說明，「這麼重大的事務在倉促間進行恐怕有失周全，更將引起社會爭論」，建議馬總統再為商酌。
針對馬批准辭呈，楊家俍表示，民進黨基本上尊重馬總統的職權，但中央研究院是我國最高學術機構，院長人選的圈定是重大人事決定，我們早在四月間便建議總統儘速處理，但現在延宕至今。
中研院長翁啟惠請辭案即日起生效。民進黨團表示，好事；國民黨團說，尊重總統馬英九決定；時代力量黨團盼總統不宜介入新院長人事；親民黨團說，回歸司法。
民進黨立院黨團幹事長吳秉叡則表示，馬總統准辭是應該的，身處浩鼎爭議風波中，翁啟惠無法好好做事，辭職後，翁啟惠可以好好面對後續官司，這是好事。至於接任人選，吳秉叡說，涉及總統人事權，不便表達意見。
時代力量立法院黨團總召徐永明則表示，希望馬總統能終止目前中研院的紛擾，讓它能告一段落。但因為馬總統任期只剩10天，不宜再介入中研院新院長人事問題，譬如說主動約見3位院長候選人，這也跟過去慣例不合。
徐永明認為，馬總統還是應尊重中研院程序，並尊重總統當選人蔡英文，讓中研院新任院長交由新任總統來做決定。
國民黨團首席副書記長江啟臣則表示，尊重馬總統職權，之前社會各界都希望翁啟惠能夠請辭，既然馬總統現在已經同意翁啟惠的辭呈，黨團就是尊重馬總統的決定。
親民黨立法院黨團總召李鴻鈞說，翁啟惠的事情鬧得沸沸揚揚，提出辭呈，而馬總統也准翁啟惠辭呈，但還是要尊重司法，讓司法來處理，其他就回歸專業領域；學術界在生技產業，應站在國家發展方向，而不是淪為財團的炒作。
總統府發言人陳以信今天表示，馬總統命總統府秘書長曾永權上午前往拜會翁啟惠，轉達總統已決定同意翁啟惠於3月29日所提辭呈，並轉交總統信函。
針對翁啟惠曾表示辭職將造成人事極大動盪，馬在信函則回覆，「此一考量，顯係多慮」，他將指派一位副院長代理院長職務，絕不致因翁啟惠辭職造成人事動盪。