儘管一、二審都敗訴，但國民黨昨天仍以「制度之爭」為由，決定對王金平黨籍案提出上訴，並在「九把刀劈腿案」引發媒體關注時釋出上訴訊息，此舉引發國民黨內不滿，國民黨立委羅淑蕾今（23）日痛批黨主席馬英九「一人決定」，「怎麼會這麼獨裁」？王金平則淡然表示尊重國民黨上訴權利，對輔選不會推辭。
據了解，包括15位國民黨中常委等連署要求黨中央顧及團結，勿針對王金平黨籍案上訴，希望主席馬英九撤銷上訴，但馬英九回應表示與王並無恩怨，是否上訴要看情形，尊重律師意見，但常會結束後，卻以維護制度而言決定上訴，讓不少國民黨立委和基層感到不滿。
對於黨中央決定上訴，立法院長王金平淡然表示，「這是他們的權利」，他尊重黨中央的決定；至於是否有立委擔心黨內團結，王金平則表示他不清楚，但也強調他「盡了黨員的責任，能進行輔選的地方，從來不推辭」。
擔任基隆市長提名人謝立功競選總幹事的謝國樑，上星期才和馬英九、謝立功手拉手營造團結氣勢，對上訴也不能理解。他說，「我們在第一線聲廝力竭喊團結時，黨中央這樣上訴的舉動，無疑是給我們重重一擊」。國民黨立委呂學樟對於上訴也表示遺憾。
追打MG149案的立委羅淑蕾說，「怎麼會這麼獨裁？這麼不民主？中常委提出來的建議，你就公開表決嘛？那你就是要接受嘛！難道黨主席自己一個人，就可以決定所有事情嗎」？
王金平委任律師許英傑則痛批黨中央堅持上訴，完全無視國內重大民生經濟問題，悖離民意，他並強調這件訴訟具有憲政秩序上的重要意義和價值，希望最高法院公開審理。
許英傑指出，王金平是國民黨永久黨員，對黨感情深厚，這件案子緣於違法洩密、濫權監聽、侵害人權，王金平本於大是大非，必須循司法程序救濟、捍衛憲政民主法治。
許英傑說，台北地院、台灣高等法院均縝密詳查相關事證並判王金平勝訴，當權者卻執意上訴，無視民生問題、背離民意，錯失全黨團結契機，王金平迫於無奈上訴。
對於國民黨上訴，國民黨台北市長參選人連勝文上午則表示，上訴案選民表態無關，但馬王合選情有加分效果，此外他也強調希望最高法院判決。