立法院臨時會可望審查自由經濟示範區條例，引發外界質疑自經區農產品輸入與檢疫等問題可能「滅農」，在野黨團與學者更要求農委會主委陳保基公開辯論，對此陳保基今（17）日表示，「隨時歡迎」、「一定安排」。他也向民進黨主席蔡英文喊話，強調自經區是前瞻性產業政策，「蔡主席應站在國際高度審視」。
陳保基重申，示範區特別條例草案沒開放管制性中國大陸農產品進入國內市場，如果最終產品不是管制性產品，仍須完稅才可輸入國內；此外進入示範區原料仍須依現行規定辦理檢驗檢疫，農委會推動示範區仍秉持一貫原則，未放寬，自然不會影響MIT（台灣製造）品質形象。
針對陳保基的說法，民進黨上午也召開記者會回應，民進黨立委吳秉叡質疑，「如果對岸花生到台灣，能完全防堵不會進口到台灣傳統市場上嗎」，立委葉宜津更表示，自經區的做法只會「搞大中國農業」。
國民黨立院黨團邀請陳保基說明自經區立場，針對外界質疑開放中國農產品原料進入示範區，陳保基表示，讓國外原料進入示範區，經加值加工後產品，依現行貨品規定辦理輸出入，且管制性產品應全數外銷，不涉及開放830項中國大陸農產品進入國內市場。
陳保基舉例說，目前中國大陸製造的花生醬每年進口台灣1336噸，卻不讓示範區業者進口各國花生做成台灣製花生醬外銷賺錢，將使產業外移；再以芝麻為例，台灣開放中國芝麻進口，但芝麻油業者不愛用，主要還是用印度的芝麻，經由台灣製造之後，賣到全世界。
陳保基也舉瑞士巧克力、美國星巴克（Starbucks）咖啡為例說，「不一定都是用哪國原物料，大家還是會買」，主要是相信加工技術。他說，透過自經區把原料加工，讓台灣技術發光發亮。至於自經區草案是否有壓力？陳保基說，若台灣農業再次失去國際化的機會，壓力應該會在反對者身上。
陳保基也表示，民進黨主席蔡英文應該要以國際高度來審視自經區，他表示，蔡英文是當年加入GATT的法律顧問，蔡常講國際化、自由化，要我們遵照WTO規範，改變台灣產業，現在政府做的就是在改變台灣產業體質、面對國際競爭。
國民黨團書記長王廷升呼籲，在野黨不要再為了杯葛而杯葛，應讓自經區條例順利通過。對於在野黨與學者要求辯論，國民黨團首席副書記長費鴻泰回應說，國民黨團歡迎對自經區有不同意見的任何學者、專家跟農委會辯論，若學者想要指定辯論對象，黨團可以隨時協助安排。
針對陳保基說法，民進黨立委葉宜津質疑，自經區只有「搞大中國農業」。她強調，應該只有使用台灣農產品作為原料的加工品才能打上MIT標籤，若是示範區允許進口「原先禁止輸台的830項大陸農產品」，在加工後貼上MIT標籤，葉宜津批評，這會是「加值中國農業、中國農產品才是好處多」。
立委林淑芬則表示，在上游原物料競爭，大陸花生1公斤35.4元，台灣花生1公斤43元，同樣都能成為加工產品，台灣農民的作物在市場沒有競爭力，農業將被消滅；吳秉叡也質疑，考量成本的示範區廠商會採購中國還是台灣的農產品作原料？結果「好到食品加工業者，卻排擠台灣農作物成為加工品的機會」。