針對現任總統馬英九表示將在近日決定中央研究院院長人事，民進黨發言人阮昭雄今(12)日表示，中央研究院是我國最高學術機構，院長人選的圈定是重大人事決定，也攸關中研院穩健運作。現在距離政權交接僅剩五個工作天，行政院也在今天總辭，政府已進入看守期的最後階段，中研院院長這樣重大的人事倘若倉促間決定，不僅憲政爭議難免，也恐怕引發社會不必要的紛擾，斲傷中研院崇高聲譽，希望馬總統慎重考慮。
有媒體報導總統當選人蔡英文主席有所謂屬意廖俊智院士一事，阮昭雄說，蔡英文主席並不認識三位被遴選的院士，對於中央研究院院長人選問題，一切尊重制度及相關程序，尊重並確保國家最高學術機構的超然與獨立。