大選結束次日，前副總統呂秀蓮發起「全民救扁」，她呼籲請總統馬英九在12月10日國際人權日釋放阿扁，此舉獲高雄市長陳菊、台南市長賴清德等13位民進黨縣市長當選人熱烈響應，希望馬總統給予阿扁保外就醫或特赦，緩和朝野對立氛圍。
高雄市長陳菊說，希望馬總統最遲在世界人權日前，立即給予陳水扁前總統保外就醫處遇；台南市長賴清德也說，這場選舉看出選民厭惡藍綠惡鬥，釋放阿扁有助緩和朝野對立。
這次九合一選舉順利連任的高雄市長陳菊、台南市長賴清德、宜蘭縣長林聰賢、嘉義縣長張花冠；以及新當選的台中市林佳龍、基隆市林右昌、雲林縣李進勇、嘉義市涂醒哲、澎湖縣陳光復等縣市首長都支持釋放前總統陳水扁。他們認為「釋放阿扁，有利朝野和解」。
其中台南市長賴清德說，台灣老百姓透過九合一選舉表達對藍綠惡鬥的厭惡，他呼籲，馬英九應該在這個時候，基於人道、人權的考量，釋放阿扁。他說，阿扁身體已如風中殘燭，連自立生活起居都有困難，根本沒有辦法過正常人的生活，現在監禁他，已經失去社會隔離的目的，而且司法審判的公平性也遭受質疑，既然國務機要費案無罪、機密外交案無罪，疑似海外洗錢案、隱匿機密公文案，特偵組也在今年以「查無不法實據」偵結。因此他呼籲，此時釋放阿扁總統，具有助於展現朝野和解，促進族群和諧，政爭惡鬥等正面意義。
全台13位新當選及連任的綠營縣市長昨齊聲呼籲，讓前總統陳水扁保外就醫，甚至特赦，高雄市長陳菊說，希望馬總統最遲能在12月10日世界人權日前，立即給予陳水扁前總統保外就醫處遇；台南市長賴清德也說，這場選舉看出選民厭惡藍綠惡鬥，釋放阿扁有助緩和朝野氛圍。