中科二期、大埔事件殷鑑不遠，學界憂心「自由經濟示範區」恐再引起新一波「圈地風」，學者認為，現有各類園區、加工出口區等閒置土地已經達3個台北市大，要求自經區應該優先使用現有園區，刪除新設示範區，並剔除徵收與區段徵收，環評也不得鬆綁。國發會主委管中閔則同意在一週內做通盤檢討，大幅限縮地方政府徵收土地作示範區的規定，他強調：「我會檢討，就一定會檢討。」
立法院經濟委員會今(14)日舉行「自由經濟示範區」特別條例草案，有關土地暨社會正義面向公聽會，由於過去有關土地徵收、環境保護運動不斷，與會學者幾乎一面倒要求重新檢討條例相關條文，在野黨立委田秋堇更表示，千萬不要讓自經區變成另一個服貿，再衝一次立法院，不然「我們顧門可是顧得很累」，要求政府部門有疑慮一定要檢討。
自經區條例草案中對於區內土地開發與取得有2種方式，首先利用既有的園區，其次則為新劃定特定示範區，後者隨即引發在場學者強烈反彈。前台大生物產業機電工程系教授謝志誠質疑，按現行條例通過，恐將又形成一波以國家重大建設為名，以加速整體開發的新「圈地」運動，根本又是空白授權，屆時又會因私有財產被剝奪而造成政府與公民團體間的緊張。
謝志誠指出，目前台灣既有的園區包括自由貿易港區、農業科技園區、科學園區、加工出口區、產業園區等，加總起來的面積，約達3個台北市，他認為，「除非既有的這些園區，使用率達到百分百，否則為何還要開發新土地？」
政治大學地政學系教授兼台灣農村陣線理事長徐世榮也指出，過去以各式開發為由，浮濫徵收農民土地的例子屢見不鮮，農民都已經「窮得只剩下生活所需得耕作的土地」，結果得利的都是政府與財團。
而徵收方式方面，徐世榮也質疑哪一次土地徵收是用「協議價購」？哪一次不是用到「區段徵收」？所以土地徵收條例第11條根本是廢文，更何況過去徵收的各種園區土地現在大量閒置，徵收條例第9與49條載明應允許被徵收人取回土地或進行徵收的廢止，也都沒有進行，按現有自經區可預見屆時又會有一波波的社會抗爭活動，要求優先刪除徵收與區段徵收規定。
世新大學社發所助理教授蔡培慧更質疑，示範區案的條文竟鬆綁環評與水土保持規範，凌駕其他機關專業。立委田秋堇也強調，如果把台灣當作一台汽車，經濟是汽車的引擎，那麼環保就是汽車的底盤，一旦底盤腐朽，汽車也無法順利開動。現今現今國土計畫法未通過，空污、水污總量未訂定，而且灌排分離未法制化，在沒有汙染總量管制下，鬆綁個案環評審查無異加速環境汙染破壞，鼓勵更多日月光事件發生。
中華經濟研究院副院長王健全也認為，自由經濟示範區雖助台灣經濟發展，但台灣社會M型化日益嚴重，示範區的開放，應注意對中小企業、中南部、中低收入戶，以及青年族群等「3中1青」，可能帶來的衝擊。
面對學界一面倒對自經區條例的抨擊，國發會主委管中閔回應，自經區條例賦予地方政府可徵收民間土地原只想讓土地取得多一些彈性，但為了避免各位專家對圈地、炒作土地的質疑，將會在一週內與各相關部會檢討，一定會「大幅限縮」地方政府徵收土地的規定，他更強調「我不是那種講一套做一套的人」，保證一定會檢討就一定會真正嚴肅去檢討。