2004年陳總統連任後，面臨319事件泛藍群眾盤據凱道、中國制定《反分裂法》和國內政治的持續惡鬥，於是思考如何透過憲政制度的改革，來為台灣奠定穩固根基。
1991年李登輝總統公告廢止《動員戡亂時期臨時條款》後，因為憲法條文仍有窒礙難行之處，所以在1991年4月由第一屆國民大會第二次臨時會通過第一次憲法修正案，同年5月1日公布增修條文。李登輝任內總共進行六次憲法修正，緩步推動改革。
持平而論，李登輝運用高度政治技巧，讓盤據國會長達四十五年的老國代們自廢武功，同意修憲終止自身無任期限制的權力。李登輝的努力，確實是台灣民主化過程中的重大勳績，但這種妥協式、分期付款式的改革，雖能避免社會陷入動盪，卻也留下為德不卒的遺憾。例如1997年第四次修憲，引進法國雙首長制的部分精神，卻未納入雙首長制的完整配套，從而衍生諸多憲政實踐上的爭議，迄今仍綿延不絕。
憲法是國家的根本大法，就像房屋結構中的屋脊大樑，大樑歪了，再如何修補，也無法挽回房屋結構的惡化。同理，不良的憲政制度設計，會導致政府體制曖昧不清；譬如，國會功能因監察權的存在而遭受弱化；至於考試院的存在，則與人事行政局的功能疊床架屋。凡此種種，只是眾多憲政弊病之一端，如單純從「政府善治」（good governance）的角度來看，推動憲政制度的全面變革，確實是台灣無可迴避的要務。
憲政改革當然重要，但是憲改是高度政治性的工作，如果沒有龐大的社會力量和民意支持，成功的可能性微乎其微。回顧2004年，陳水扁雖已沒有連任壓力，但民進黨在國民大會或立法院皆未曾掌握決定性多數，值此時空背景，陳總統當然必須考慮諸多可能影響憲改成效的因素，審慎推動。
尤其國民大會改選後，擁有民意基礎的國大代表亟思分享國會權力，逐漸和立法院發生矛盾，甚至出現互罵垃圾與蟑螂的亂象。後來因為國民大會的功能僅剩修憲一項，但國大代表卻坐領高薪，自然引起人民的反感。加上台灣社會已厭惡黑金政治、改革選舉制度的輿論高漲，所以陳水扁呼應林義雄的改革訴求，順勢推動修憲。2005年5月14日舉行中華民國史上唯一的任務型國民大會代表選舉，其目的是用來複決2004年8月立法院所提出移除國民大會全部職務修憲案。
由於國民黨和親民黨抵制這次選舉，所以投票率僅23％，創下歷史新低。民進黨獲得最多席次，國親兩黨譏評選舉結果缺乏正當性。雖然如此，第七次修憲還是達成國會席次減半和改採單一選區制，以及讓國民大會走入歷史等成果。
2005年修憲後，許多人認為單一選區制將讓民進黨在立法院淪為永遠的少數，修憲後第一次立委選舉，民進黨只拿到二十七席；但是制度是死的，民意是流動的，一項制度必須經歷長時間的試煉，才能論斷它的優劣。
經過2005年的修憲，很多本土社團紛紛要求陳水扁繼續推動憲改工程；當時民間要求制憲的聲浪頗大，所以陳總統開始思考如何落實憲改，在我擔任總統府秘書長時，他指派我一個工作，就是推動憲政改造。
憲政改造是一件大工程，非一黨一人所能獨力完成；它必須調和不同政黨、階級、族群間的各種利益，否則必然遭遇強大阻力。在接下這個工作之前，前總統府秘書長游錫堃原本有意規劃成立「憲政改造委員會」，但因在野黨反對，2005年8月1日轉而在總統府內成立任務型編組的「憲改辦公室」，陳總統遴聘前銓敘部次長李俊俋為有給職國策顧問，並擔任憲改辦公室主任，來推動二階段憲改。
憲改辦公室最大功能在推動憲法公民教育、協助民間團體推動憲改；期待在「民間憲改聯盟」成立後，政府能與民間互補、分工，把憲改種子播撒在台灣每個角落。
接下憲改任務後，我開始著手規劃憲改工作的進程，我思考總統府的角色及人力資源無法涵蓋所有事務，唯有納入行政部門的力量，才能真正啟動憲改工作。
2006年3月24日，我邀集總統府、行政院和民主進步黨相關代表，召開「落實第二階段憲改推動策略計畫府院黨協調會議」。出席人員包括總統府副秘書長馬永成、總統辦公室主任林德訓、總統府一局局長葉維銓、總統府公共事務室主任李南陽、行政院政務委員許志雄、林錫耀、行政院秘書長劉玉山、研考會主委葉俊榮、新聞局長鄭文燦、民進黨秘書長林佳龍、立法院黨團總召柯建銘、政策會執行長趙永清等人。討論重點在於：建立府院黨平台及分工機制，強化與黨團、黨部業務的聯繫配合，讓資源有效整合，來加速憲改腳步。
這場「府院黨憲改協調會議」達成三點結論，分別是：一、建立府院黨連繫窗口，行政院為劉玉山秘書長、民進黨為林佳龍秘書長、總統府為馬永成副秘書長，並定期開會。二、建立府、院、部會行政系統垂直聯繫平台，並加強與黨部、黨團的橫向聯繫。三、經費是推動憲改的困難點，建議行政院彙整各部會涉及憲政法治的預算項目，研擬是否能做為憲改業務經費的基礎，並研究設立基金會或運用「民主基金會」的可能性。
不過，這些規劃後來因朝野對抗加劇而胎死腹中。為了鼓勵民間參與憲政議題，推動由下而上的改革，我在2006年4月4日前往手護台灣大聯盟拜會，就憲改議題交換意見，與會人士除手護台灣大聯盟總召集人黃昭堂和決策委員外，尚有台灣教授協會、台灣教師聯盟、台獨聯盟、台灣新世紀文教基金會、長老教會、李友會等約二十個社團的代表。
我向他們說明陳總統推動憲政改革的決心，2005年剛通過修憲案，總統隨即宣布推動第二階段憲政改造，陳總統期待能在卸任前為台灣催生一部合時、合身、合用的新憲法。總統府於2005年8月1日成立「憲改辦公室」，找來憲法大師李鴻禧教授的兒子李俊俋負責推動相關業務，並已透過行政系統、校園、民間社團、媒體、村里舉辦過數百場的演講會和座談會。我向他們說明，憲改運動還是應以民間為主體，希望手護台灣大聯盟能帶領民間社團主動提出版本。
本土社團本就積極倡導制憲，所以對我的到訪反應非常熱烈。總召集人黃昭堂首先表示，憲政改造包含制憲和修憲，只要民間聲音夠大，拉高到制憲層級並非不可能。他說，本土社團並非僵化不變，制憲若有困難，改採修憲亦可勉為接受，但須爭取有利內容。不過，在未盡最大努力之前，不應放棄制憲理想。
時任考試院長的制憲執行長姚嘉文則認為，台灣要正名，領土要明確，政府體制應採三權分立。2016年當選的「時代力量」立委林昶佐（Freddy），當時以台灣獨立音樂協會會長的身分表示，「台灣共和國」長期被汙名化，若採「台灣」較為中性，可做為國人的最大公約數。台灣教師聯盟代表張簡煌表示，本土社團內部應針對憲法版本進行整合，整合過程若能重視理念宣傳和全民教育效果，即使2008年制憲不成，也可累積出一些成果，讓公民產生憲法意識，深化民主價值，為下階段制憲打下基礎。然而，要達成實際效果，則應由基層民代提供舞台，讓民眾有發聲管道，群眾自然會注意憲改議題；因為只有民意代表才能迅速號召民眾，並結合上、中、下層的組織，但當時的民意代表似乎欠缺投入憲改運動的熱情。我逐一聽取本土社團的意見，並由隨行幕僚記錄下來，把這些聲音據實反應給陳總統。
當時，民進黨和台灣團結聯盟都有意提出憲改版本。除了研擬中的草案外，過去還有幾部採取制憲立場的版本，這些憲法草案有兩種型態，一為個人（團體）自行草擬，二為公共討論所產生的型態。屬於個人（團體）草擬的部分，計有黃昭堂、許世楷、林義雄、李憲榮、908台灣國運動等版本；屬於公共討論型態的部分，計有1991年8月21日人民制憲會議通過的《台灣憲法草案》、1994年6月第二次人民制憲會議通過的《台灣共和國憲法草案》、2004年10月27日台灣教授協會提出的《台灣共和國憲法草案》。
至於憲改內容，從當時的政治生態來看，主權、領土等議題不易獲得立法院通過，但為使社會各界普遍關心憲政課題，達到百花齊放的效果，仍有必要促使各種聲音同時呈現，所以我建議本土社團出面整合制憲版本。
除了連繫民間社團外，總統府的憲改辦公室也持續進行蒐羅憲改版本，進行比較研究，並邀集憲法學者研議，形成一部集合各版本優點的憲法草案。根據我們的規劃，憲法草案完成後，將交由公民社會進行長時間的討論，等社會各界對憲法部分內容逐漸凝聚共識後，再透過修憲和公民投票的方式完成改革。
我接任總統府秘書長的時候，憲改辦公室所推動的憲改運動已經從下鄉宣導進入實質內容的討論，例如應採直接修改憲法本文或修正增修條文，以及是否碰觸國號、國旗、領土等涉及主權的議題，至於「為因應國家統一前之需要」的憲法前言也納入調整範圍；有關政府體制應採三權分立或維持五權分立，也在研議之列。經過幾個月的討論與彙整，憲改辦公室根據各方意見，已草擬出一本憲法草案，只是迫於政治情勢，這本草案尚未問世即胎死腹中。
回顧這場早夭的憲改運動，當時不少政府和民間人士都貢獻出智慧與心力，例如2016年當選立委的時代力量黨主席黃國昌。此外，專攻憲法學的蒙藏委員會委員長許志雄，對憲改工作助益甚深，許志雄還找來時任蒙藏委員的汪平雲律師，汪律師也常提供諮詢意見讓我參考。不過，2007年2月15日，四十歲的汪律師被發現陳屍於北市木柵萬壽橋上游的河床上，檢警研判他是自殺或失足落水，一位優秀的年輕人就此殞落，難免令人遺憾。
身為總統的幕僚長，我親身見證陳水扁投入憲改的用心，然而囿於朝小野大的困局，光是行政工作就阻礙重重，更遑論碰觸到泛藍人士最敏感的憲改神經，所以「憲改辦公室」最後處境如何？不問可知。
國親兩黨於2006年1月21日在立法院主導一項決議，要求「總統府無法源依據之『國家人權紀念館籌備小組』、『性別主流化諮詢顧問小組』、『科技諮詢委員會』、『人權諮詢委員會』、『憲改辦公室』、『青年團』應全部解散。」立法院多數黨僅憑一己好惡，草率作成決議，但是基於尊重國會的立場，這些任務編組最後被迫解散。
平心而論，總統府內的任務編組雖沒有組織法，但不代表違法。我國對機關組織向來採取嚴格的法律保留，到了九七修憲後開始鬆綁，增訂「國家機關之職權、設立程序及總員額，得以法律為準則性之規定。」立法院並依此意旨制定《中央行政機關組織基準法》，做為機關組織的設立準據。該法雖然以行政院及其所屬各機關為適用範圍，但是第38條規定：「本法於行政院以外之中央政府機關準用之。」所以總統府任務編組的調整或裁撤，亦得遵循該法規定。
但，同法第36條也規定：「一級機關為因應突發、特殊或新興重大事務，得設臨時性、過渡性之機關，其組織以暫行組織規程定之。」顯見當年國民黨以「無法源依據」為由迫令總統府解散所屬任務編組，不僅無視國會同受法律拘束的法治國要求，更是橫柴扛入灶的典型惡行。
(本文摘自前衛出版《陳唐山回憶錄：黑名單與外交部長》)
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