法務部擬廢除特偵組，中國國民黨回應表示，廢除特偵組需有正當理由，不能因為辦過前總統陳水扁弊案就裁撤。然而，廢除特偵組的提案，在上屆立法院獲得國民黨立委陳根德、親民黨立委李桐豪等跨黨派立委連署支持，此並非藍綠議題，國民黨顯然搞不清楚狀況。
事實上，廢除特偵組不是政治問題，而是民主法治的問題，象徵台灣能否與國際民主接軌。若以美國、德國、日本及南韓為例，國際上的民主國家已找不到類似我國特偵組的檢察組織，因此廢除特偵組，是台灣與國際接軌非常重要的一步。
參照國際法例，1999年美國國會即讓功能不彰、介入政爭的獨立檢察官制度走入歷史；日本特搜部的制度設計，係將特搜部設於地方檢察署內，不會發生我國特偵組之權力集中問題。
再者，2013年4月南韓成立32年的中央搜查部（相當於我國特偵組）也因為民眾質疑政治介入，正式走入歷史；德國檢察體制沒有如我國特偵組的設計。另德國基於納粹的慘痛經驗，德國基本法第101條規定，司法體系不得設置非常法院（Ausnahmegerichte）。是故，我國特別偵查組的權力集中、辦案不公問題，從前述美國、日本和南韓的法例以觀，已無存立空間。
制度上，我國刑事訴訟法中，針對維持檢察官「客觀性義務」的「法治」制度，竟讓權力集中的特偵組，得以公然踐踏「客觀性義務」，甚至涉嫌教唆偽證（特偵組檢察官對辜仲諒涉嫌教唆偽證，參台灣高等法院99年金重上字第75號100年4月19日審判筆錄）、恐嚇證人，都未見究責。
現行特偵組制度存有「管轄、分案制度」的破壞，以及檢察總長「案件收取權以及移轉權」的政治力介入高度可能。「最高」檢特偵組的權力集中，恐是導致檢察官違法濫權又肆無忌憚的主因。而這樣的刑事程序明顯向檢察官傾斜，使得特定政黨的被告防禦權受到侵害又無救濟管道，甚至形成「有權利未必有救濟」的非法治狀態，使得被檢察官濫權侵害的人民，必須尋求體制外的救濟，嚴重動搖我國的民主法治秩序。
然而，2006年法院組織法修訂第63條之1，原係考量「檢察一體」尚未為法律所具體化、細緻化，地方檢察官偵辦貪瀆案件，恐因考量地方派系、地方人際牽制而無力貫徹中央廉能政策，惟2011年立法院已通過法官法之立法，將「檢察一體」予以明文規範，法院組織法第63條之1立法原意亦失所附麗。
若再以2013年「九月政爭」為例，政治介入特偵組，時任檢察總長黃世銘遭判刑，已嚴重傷害全國檢察官威信，因此當時民進黨立委李俊俋於立法院提案「刪除法院組織法第63條之1」，獲得包括國民黨立委陳根德、親民黨立委李桐豪等跨黨派立委連署支持。該法案之案由為：「鑑於最高法院檢察署設特別偵查組之設置，與行政院於2011年7月20日所成立之法務部廉政署相去不遠，有疊床架屋、浪費行政資源之嫌。況且，現行廉政署之組織、程序及執行等相關規範已相當周延縝密，對人權之保障更臻明確。爰擬具『法院組織法刪除第六十三條之一草案』，俾使國家肅貪查弊機制更加完善。」
其提案說明提到：最高法院檢察署設特別偵查組的成立，起於1970年美國的「水門事件」，賦予獨立檢察官有超然權力偵辦當權者。然觀察其於歷史操作上，具有因權限不受控制且無監督機制，易使其捲入政治漩渦之諸多流弊，美國於1999年業已將此制度予以廢除。
簡單的說，特偵組的廢除，不只是為檢察制度的正常化，且經不分藍綠的立委所共同連署，更是符合美國、日本、德國、南韓等各國的法例與民主價值，是台灣與國際接軌非常重要的一步。
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