台灣新舊政權交接之際爭議不斷，就在馬英九總統任期只剩下一個多月的時候，台灣高雄市議會與台南市議會民進黨黨團提案希望馬英九總統能夠在這個時候特赦前總統陳水扁。提案一出，立刻又引發台灣朝野爭論不休。
高雄市議會議長康裕成認為，他們提這個案子，是希望在馬總統卸任前，能夠充分展現元首高度，民進黨籍高雄市長陳菊也認為，如果馬總統能夠特赦陳水扁，將有助促成藍綠和解，她個人非常贊同。此外，前行政院長謝長廷則是認為，特赦陳水扁不是法律問題，而是政治問題，政治問題就應該政治解決。如果由馬總統來做，能顯出馬總統的肚量，也給馬總統製造藍綠和解的機會；但如果由蔡英文來做，就有人會有爭議。
然而在藍營方面，對於綠營的提案抨擊不斷。新北市長朱立倫與國民黨籍立委王育敏都認為，法律程序還沒完成，現任總統沒有權力特赦。王育敏也明白表示，如果民進黨真的這麼想特赦阿扁，何不等蔡英文上任之後，自行用政治解決，也自行承擔政治後果。副總統吳敦義也表示，陳水扁仍有許多案子還在審理中，必須依照程序走完，現在提特赦，「時機尚未成熟。」吳敦義說，「就算有人要特赦，也應將還沒有了結的案處理完以後，再看當時的狀況，決定是否依照憲法來實施特赦。」此外，也有藍營人士認為，阿扁「應該先認罪，再來談特赦。」
特赦陳水扁這個問題，到底是政治的成份比較多還是法律的成份比較多？藍綠雙方各執一詞，而更弔詭的是，綠營人士此刻紛紛呼籲馬英九總統在519前特赦陳水扁，卻不呼籲準總統蔡英文在520後特赦陳水扁。台灣有媒體解讀這個現象頗耐人尋味，讓人不得不懷疑，此乃「圍魏救趙」之計，想替蔡英文解套，避免拖延到520之後，讓特赦陳水扁這個燙手山芋成為蔡英文施政的一大包袱。
兩岸問題專家吳漢教授在海峽論談節目中表示，目前陳水扁已經保外就醫，某種程度上已經是用政治來解決，總統是否特赦仍應回到法律層面處理。吳漢教授認為，應該先讓法律程序走完，否則案情無法釐清，在釐清案情之後再由當時的執政者來特赦。吳漢教授認為，如果台灣社會對這個問題有共識，到時候由蔡英文來特赦並不是問題。
不過《民報》時事評論員郭寶勝認為，有鑑於其他國家的先例，像是韓國前總統盧泰愚和全斗煥因貪污案入獄獲得特赦，馬英九總統也應該行使權柄特赦陳水扁。郭寶勝呼籲馬英九，應該想想「自己的後路」，否則卸任後也會被追究責任，「冤冤相報何時了。」郭寶勝指馬英九自己也有很多案子，像是「馬王政爭」時的洩密案，還有其他經濟方面的案子，因此馬英九為了避免卸任後被綠營追殺，應該在卸任前釋出和解的善意，盡快特赦陳水扁。
究竟陳水扁應不應該被特赦? 馬英九卸任後是否會遭到政治追殺? 綠營人士趕在520蔡英文就職之前紛紛拋出特赦陳水扁的呼籲，是否實為「圍魏救趙」？馬英九和蔡英文又要如何接招？
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