台灣醫院的經營必須依循健保制度之規定，而現行的健保制度使得醫院生存不易，是目前多數醫院面臨的困境，人民繳納便宜的健保費即可享受高品質又便利的醫療資源，健保署卻以低給付剝削醫界。健保署議出的藥品給付價，而藥廠以較低的價錢賣出，使得獲利差產生，健保署不敢也不願接觸藥商，只好容忍藥價差的存在，因此藥價差及利潤使用是現行制度下所允許的，且每一家醫院都有相同問題。衛福部不敢正視此問題，卻任由媒體將藥價利潤以「藥價黑洞」汙名化，對於服務民眾的醫療院所實在不甚公平。
2006年全國檢調單位百餘人兵分十三路搜索各大醫院，誓言要揪出醫界這種詐欺行為，當年衛生署曾指出，合理的藥價差乃是自由交易市場所必然存在的，該杜絕的是暴利藥價差，因如果藥價差太大，院方可能鼓勵醫師拚命開該藥品，這樣就會左右醫師正常開藥行為，連帶影響病患用藥品質。現行健保的給付制度『單一藥價基準』是齊頭式的假平等，試想台灣醫療層級及規模差距那麼大，藥品的進價即是各憑本事了，醫療院所之經營並非僅著眼於藥價差的利潤，政府是否應當建立合理的制度，使得醫院在經營上回歸醫療的專業服務，讓健保資源的使用更有效益，社會應該多給醫療院所一些掌聲與鼓勵，不應以「藥價黑洞污健保」等負面名稱打擊守護全民健康的好醫師。