延宕18年，歷經4位市長的台北市環南市場改建，終於在柯文哲任內拍版定案，對於已經啟用38年的環南市場，柯文哲2日表示，不管怎樣，環南市場改建即將在6日開工，接下來就是要咬緊牙關籌出55億。他坦言，這對市府來說也是很龐大的負擔，55億只是在硬體，軟體的部分還是會陸陸續續追加，也會引進新的管理方式，包括整齊清潔，他也指示市場處應在籌備期間就開始規劃軟體部分，未來將導入現代化管理的方法，希望將擁有老靈魂的環南市場換上一個新身軀，成為萬華新地標。
柯文哲2日上午出席環南市場改建記者會，他表示，要了解一個城市最快的辦法就是去傳統市場逛逛，臺北市多數的傳統市場都面臨建物老舊、環境不佳及二代接班、年輕人不願進駐等問題，如何改建市場、維護市場周邊環境及協助年輕人順利接班經營、快速融入市場，都是急需克服的挑戰。然而因為攤販及周邊居民意見紛雜，整合困難，導致大龍、成功、環南、第一果菜批發及漁類批發等市場改建計畫都至少延宕了5年到30年，柯文哲表示，只要下定決心，藉由改建傳統市場，翻轉老舊社區，為城市注入新能量，而這套從籌備到施工到啟用的過程，也將成為接下來改建傳統市場的SOP。
柯文哲說，環南市場說要改建至今已經過去18年，以前一直遲遲無法動工的原因在於市場裡面有1300個攤位，每次協調就要花費非常多的時間，以往可能就是談一談，談到一半受不了了就暫停。這次算是比較大的毅力，花了很多人力和時間，有效協調這1300攤位。因此他特別感謝參與第一線協調工作的市府同仁，也謝謝由工務局和產業局組成的專案小組，他還特別感謝萬華區長及自治會的幹部們，在這段期間全力協助政府和攤商溝通。
柯文哲表示，最困難的就是1300個攤商的協調，其實光想1300個攤商，就可以知道要大家都願意配合不太容易，但是他認為反正有困難就一一去處理。柯文哲也說，目前環南市場的改建工程分兩階段開工，營運不中斷所以還好，相較之下，他認為第一果菜批發市場的改建工程會更困難。
產業發展局局長林崇傑指出，環南市場改建計劃從原本9年工期縮短至5年半，總預算也從70億降為58億，最重要的關鍵就是增建堤外停車場，可同時解決停車及中繼市場問題，讓攤商及消費者能在變動最少的狀況下維持原來的消費型態，也就能縮短工期降低預算。
林崇傑說，改建前的協調的確花了很多功夫，除了在府內召開上百場的跨局處協調會議外（產發局、工務局、都發局、交通局、市場處、水利處、交工處、停管處…等），針對攤商及里民也召開50場以上的說明會、代表會及公聽會（環南市場攤商、自治會、綠堤里、華江里、和德里、和平里…等），還有30場以上都市設計審議委員會，目的是希望透過會議反覆討論檢視問題，並提出有效的解決辦法，力求改建計劃順利進行。經過多次討論，在環南市場改建完成後，不但可一舉改善攤位空間不足、市場內動線不佳、外來家戶垃圾與臭味四溢問題、市場挑高及通風不佳、攤商及居民停車空間不足等問題，還增闢居民活動場所及紓解周邊停車需求。
柯文哲表示，未來幾個大型的老舊市場都會陸續改建，環南市場是其中一部分，先前大龍市場已經開工，現在工程已經進行一半，明年預計會是成功市場，接下來是第一果菜批發市場和魚類批發市場；產發局也補充，預計到110年，將分別執行大龍市場、成功市場、漁類批發市場及第一果菜批發市場的規劃設計改建，並評估南門市場改建案。
而環南市場先前就因為老鼠猖獗滅鼠成效不彰成為焦點，對此柯文哲表示，在整個施工過程當中，滅鼠工作會持續進行，專業問題事先有準備都比較簡單。疾管處長陳少卿也補充，關於拆遷前跟拆遷當中都會進行鼠類的防治宣導及監測。
柯文哲最後表示，環南市場改建工程有特殊意義，代表著軸線翻轉真正實現的起點，他相信市府同仁都會盡全力處理，也希望環南市場開工順利，讓萬華區軸線成功翻轉，讓臺北有一個更好的未來。