針對報載公視新聞部經理侯惠芳表示，公視在柯文哲醫師訪美之前，曾與柯醫師就連、柯辯論議題聯絡過，並已安排好把時間、地點，視雙方陣營的意願，最快本月底就可登場。馮光遠競選辦公室，對於公視新聞部無視2014年台北市長選舉共有7位候選人的事實，表達最沉痛的抗議之意。
馮光遠競選辦公室指出，近年來在台灣，政治上的藍綠對決一直為民眾所垢病，因為這樣的政治氛圍，讓許多攸關市民生活的社會議題，喪失了被討論的機會與空間。為了讓市民有更多的機會，可以看到藍綠對決之外的社會風景，正是馮光遠這次決定參選的主要動機。
然而不可諱言的，在缺乏經費進行置入性行銷的情況下，馮光遠競選辦公室表示，「我們無力扭轉既有商業媒體報導生態。但對於屬於全體民眾，接收全民付託，不專為政府或某一政黨服務，以公共利益為宗旨的公共電視台，我們一直寄予厚望。在馮光遠入獄之前，亦發表聲明，提供連繫方式，對於參與公共電視選舉辯論會，公開表達強烈的意願。」
馮光遠陣營指出，未料公共電視新聞部，竟無視公共電視台的成立使命，與公共電視法所定的客觀性、公平性義務，及應提供社會大眾、各群體公平參與及表達意見之機會，不得為任何政黨作政治宣傳等法律明文規範，只舉辦兩大黨候選人的辯論會，抹煞無黨無派獨立參選人的發言空間，形同以國家資源違法挹注兩大黨。更形同對人民近接使用媒體之憲法權利的違反。
馮光遠競選辦公室聲明，「我們從未接獲公視新聞部就討論2014台北市長選舉辯論事宜的任何聯絡接洽。我們要求公視新聞部，應該對於其有辱『公共電視』之名的離譜行逕，公開道歉，並儘速與連、柯以外的其他五位台北市長候選人連繫，公正舉辦辯論會。」
馮光遠競選辦公室表示，公視新聞部，多年來一直致力於製作優質、深入的報導節目，不與商業新聞媒體同流，其成就與貢獻，有目共睹。「我們願意相信公視新聞部此次只是出於疏忽。」不過，馮陣營話鋒一轉，「公視也曾證明，他們是一家樂於傾聽觀眾意見的電視台，今年四月間，公視因接到十九名觀眾反映想看『高凌風台北演唱會』，而撤下林飛帆專訪節目一事，即為著例。」
「故我們呼籲所有的市民朋友，給予公視適時的回應與督促（http://ppt.cc/IGOh），告訴他們，台北市長七位候選人的辯論會是如何的重要，公視責無旁貸。並希望朋友們將您的申訴頁截圖，貼到本聲明以下的回應，相信若有超過十九名市民提出反應，公視必定能夠從善如流。」