國民黨在此次總統、立委遭到雪崩式慘敗，行政院長毛治國在開票當晚便宣布將辭去行政院院長一職，且表達不接受慰留。為挽留毛治國，總統馬英九今日特地前往毛揆官邸拜訪，但卻未見到本人，而毛治國也不甩馬英九，下午依舊召開臨時院會總辭。而行政院發言人孫立群則表示，在馬總統批准總辭前，毛治國將會一路請假，這段期間則由副院長張善政代理。
選戰結束才是混亂的開始？在開票當晚得知國民黨大敗後，行政院院長毛治國便公開表示將請辭院長一職，然馬英九總統則是拋出要多數黨組閣，還要治國在總辭批准前以國家大局為重，希望他堅守崗位，今日上午還特地前往官邸挽留，不過顯然毛揆辭意已堅，上午僅由夫人代打，本人則未親自出面，馬英九只能請毛治國夫人轉達，請毛治國以國家大局為重，堅守崗位。
不過行政院長毛治國今（18）日下午仍照計畫召開臨時行政院會，率內閣進行總辭。儘管馬總統仍未批准辭呈，但毛治國在臨時院會上表示，將自即日起請假「靜候交接」，請假期間由行政院副院長張善政代理院長職務。
毛治國隨後與內閣閣員合照，且僅簡短發言表示「我的意見在聲明稿中講得很清楚」，講完便匆匆離去，留下張善政對外發言。張善政指出，毛在聲明說中不接受慰留，其實「所有閣員也是一樣」，因為全體閣員不接受慰留，才有可能促成多數黨組閣。不過他也表示，如果馬總統不批總辭辭呈，所有閣員就得留下，程序上不能擅離職守，直到辭呈批准，就是所有閣員離開的日子。
不過毛治國在臨時院會上也特別向閣員表達謝意，他表示，回顧2014年底，他臨危受命接下閣揆，感謝絕大多數首長情義相挺，選擇繼續留任，也有新成員加入團隊；1年多來，行政團隊為國家的社會及經濟轉型，打下一定基礎，他要向行政團隊的付出表達感謝。
毛治國說，選舉是一時的，國家是永遠的；全體國人原本就是一家人，家人之間必需要相互理解與尊重，才能攜手向前。
除了感謝行政院團隊之外，毛治國還強調：「我的比賽已經結束，該打的仗也已經打完」，他「心情坦然、充滿感恩」。同時也透露，自己擔任公職多年很少請假，現在該陪陪家人；即日起，他將請假靜候交接，請假期間由張善政代理院，未來自己將會投入社會公益工作。