立法院去年底好不容易通過「促進轉型正義條例」，促進轉型正義委員會人事案上週五付委，還引發朝野激烈衝突。國民黨批判民進黨推動的轉型正義是「清算鬥爭」，轉型正義話題不斷，但是卻淪為各說各話的口水之爭。台大校長遴選排第二名的前台大文學院長陳弱水，特別在臉書發表「從『正義』談『轉型正義』」文章指出，「轉型正義」和「清算鬥爭」不只有觀念上的根本差異，行動表現也完全不同。把「轉型正義」講成「清算鬥爭」，不但比擬不倫，也是對可悲的歷史的不尊重。
陳弱水在臉書表示，在近年的臺灣，轉型正義是重要的議題，但很多人或者感到疑惑，或者不以為意，還有人曲解攻擊，阻撓其推行。這個情況的成因很多，他個人以為，我們文化當中欠缺正義的價值，也是一大因素。
陳弱水指出，轉型正義是正義的一種，立足於正義的觀念和價值；正義最基本的意思是道理：道德的原理或道德的規則。不過，在中國歷史上，「義」的道德原理涵義只有從戰國中期到西漢比較盛行，時間相當短，往後就一直隱晦，是個弱勢的價值。整體來說，華人的道德觀傾向於主觀的善意，或許可以形容為「多情寡義」。
陳弱水表示，在歷史的演變中，「正義」成了西方道德觀中的首要價值，西方主流的正義觀以平等為核心，亞理斯多德把「正義」分為兩個基本類型：修正的正義與分配的正義。「修正的正義」是指改正傷害或損失狀態的原則，受到損害的一方應該得到補救，恢復受害以前的狀態；「分配的正義」則指，具有相同條件的人應該獲得同等價值的資源。「轉型正義」就是「修正的正義」的一種。
陳弱水指出，良善的司法可以說是「修正的正義」的具象化，我們不可能不要司法制度，不可能說：事情發生就發生了，要向前看，不要追究。對於損害與紛爭，司法有尋求真相的義務，在嚴謹認知的基礎上，能補救的盡量補救，有時則需要究責和懲罰。
陳弱水認為，比起司法個案，「轉型正義」的意義更為嚴肅，因為它處理專制體制帶來的深廣傷害，讓受傷者和整個社會了解發生了什麼事，仍然存在的損害和不正（如財產的剝奪與掠取）更應儘速解決，這種正義的實現是國家健康往前走的重要基礎。
針對有人把「轉型正義」說成是「清算鬥爭」，陳弱水特別指出，「清算鬥爭」是中國共產黨的術語，指發起運動整肅特定對象。「清算」的對象為何，看政治的需要，從資產階級敵人到自己的長年同志都可能；至於「鬥爭」，意味清算的手段是任意的，輕重由心。「轉型正義」則不同，它有道德原則和法治的基礎，除了期望透過補正與真相解明達成某種程度「修正的正義」，轉型正義的進行方式也受程序正義的約束。
陳弱水強調，「轉型正義」和「清算鬥爭」不只有觀念上的根本差異，它們的行動表現也完全不同。1949年初，光一個月內，共產黨就在天津對工商業者發動了53次清算鬥爭，其他血淋淋的事蹟就不用說了。把「轉型正義」稱作「清算鬥爭」，不但比擬不倫，也是對可悲的歷史的不尊重。
陳弱水表示，在臺灣，人們心目中的善心善行大多屬於慈愛的類別，這是我們重要的道德資源；但在傳統的影響下，我們對愛心的想像基本上仍集中於親密圈的關係以及救濟布施。他認為，在現代公民社會，仁愛更恰當的認識是人道精神──要能了解他者的苦難，包括因不義導致的苦，並予以協助。「轉型正義」正涵藏了這樣的意識，「轉型正義」的推動，不但合於道理，還能擴大我們的道德視野。
陳弱水是今年年初台大遴選校長被推薦人之一，也是被視為是呼聲較高的人選，在第一階段校務會議代表推薦投票時，跨過門檻的5人，陳弱水不推薦（反對）票數最低。在第二階段遴選委員會的兩輪投票中，陳弱水及管中閔在第一輪投票出線，兩人在第二輪投票PK時，陳弱水以9票對12票敗給管中閔。不過，隨即傳出管中閔隱瞞台哥大獨董身分、台哥大副董蔡明興為遴選委員未迴避，還有論文涉抄襲、赴中國兼職等質疑不斷，台大校長至今仍未正式聘任。
當時《自由時報》並且報導，原本呼聲非常高的陳弱水，選前被刻意歸為前中研院院長李遠哲人馬，使反綠反李的力量，微妙地集中投給藍營色彩濃厚的管中閔。