教育部長吳茂昆今天（1日）早上在廣播節目中爆料，指台大校長遴選當選人管中閔去年便違法兼任台灣大哥大獨立董事、參加審計委員會和薪酬委員會，而且在台大核准前已至少參加過4次會議，不但管中閔本人沒有主動揭露這項資歷，台大遴選委員會也沒有善盡資格審查的責任。
教育部27日以台大遴委會委員（指蔡明興）和被推薦人（管中閔）有「經濟法律上重大利益未迴避」的適法疑慮，因此決定不予聘任管中閔，並要求台大重新回到校長候選人推薦資格初審階段。
對於兼任獨董的事情，管中閔日前對外表示，他做的每一件事都照著台大規定的程序申請，且每位擔任獨董的台大教師的申請程序都一模一樣。他說，「如果有問題是現有制度的漏洞，不是我的問題」。
對於駁回管中閔案，吳茂昆今天上午在《蔻蔻早餐》節目接受主持人周玉蔻訪問，他表示，管中閔兼職的事情，教育部確實掌握到資料，在台大還沒有核前，管中閔去年8月就去開了審計委員會和薪酬委員會的會議，教育部掌握的資料，到今年1月至少開過4次會議。
周玉蔻追問，為何沒有找管中閔來說明？吳茂昆表示，前任教育部潘文忠是要求管中閔自己出來說明，教育部這次的聲明並也不是針對管中閔，而是認為台大遴選委員會應善盡資格審查的責任。
行政院發言人徐國勇在稍早同樣接受周玉蔻訪問時說，如果管中閔認為獨董合法，「另外兩個合不合法講出來啊，管中閔要站出來講」。他問管中閔，「這兩個職位，有沒有在台大同意以後才去？還是台大沒同意他去開會領薪水？」教育部有證據才會處理這個，如果管中閔認為問心無愧那就出來講清楚。
徐國勇說，台大在去年9月22日同意管中閔去兼這兩個職位，但台大還沒同意之前，管中閔就先去兼了這兩個職位，管中閔在8月就開了審計委員會和薪酬委員會的會議，依法那時台大還沒核准就不能去。
徐國勇進一步解釋，台大本身也違法，台大同意管中閔兼職前要簽產學合作契約，還沒簽就同意管中閔去兼職，台大違法之後，才去和台哥大簽產學合作契約，去年10月2日，台大才把產學合作契約書和同意管中閔兼職的文件送到台哥大。