彰化縣政府水利資源處25日召開說明「納管水井輔導合化法作業」，原定每口水井須繳交納管水井水權行政規費，包括履勘費(1000元)、登記費(1200元)及水權費(500元)，共計2,700元，因媒體反應強烈，25日深夜決定暫停收費。
這是縣府首次在記者會中遭到媒體強烈反彈，水資處代理處長吳文昇事後坦承決策過程稍嫌粗糙，並強調僅係試辦，卻仍難以服人，而於深夜決定暫停收費。
本案起因於高鐵行經彰雲兩縣境內因地層下陷，恐危及高鐵結構，因而於兩縣境內進行全面性減緩地層下陷措施，彰化縣也於2013年受理既有水井申報納管，2014~2016年辦理納管水井複查作業，並預定自今年起至2020年輔導納管水井取得合法水權，而納管水井每口須繳納水權行政規費，包括履勘費(1000元)、登記費(1200元)及水權費(500元)，共計2,700元，且本案僅在彰化縣境內實施，也就是彰化縣有14萬餘口農民用於灌溉的農用水井，每3年須繳交一次水權規費2700元，引起媒體嘩然。
根據結構技師表示，以當今的建築技術而言，連跨海大橋都可以興建，所謂地層下陷區造成危及高鐵結構之說令人存疑；再說，學術機構都已證實，彰雲兩縣地層下陷的元凶，是自來水公司和工廠的深水井，經濟部主導下，興建集集攔河堰把農業用水售予六輕，也是導致農民灌溉用水不足的重大原因，現在卻把腦筋動到最弱勢的農民，在申報及複查時都未提到要收費，現在才說要收取規費，讓農民有誠實申報者受懲罰的印象，難以服人。
由於此事引起反彈聲浪太大，水資處所謂暫停收費的說法仍讓農民心驚驚，水資處代理處長吳文昇26日上午再度於新聞處公開表示，縣長魏明谷關心農民，指示中止「納管水井輔導合法化試辦計畫」以及後續作業，因此也沒有後續收費的問題，之後會與中央討論後續作業規範的修正，充分瞭解及反映民眾的需求，並向中央提出方案研擬建議，體察民意、適當調整政策方向，以保障民眾權益。