教育部今天（27日）晚間宣布，駁回管中閔當選台大校長案，認為遴選過程有重大利益未迴避的適法疑慮，無法接受遴選結果。教育部並指台大校長遴選委員會未遵守自訂的基本準則，遴選過程對學術倫理、基本誠信等問題都含糊以對。
教育部晚間發布聲明表示，台大的校長遴選方式，是由該校遴委會自訂出三個階段的程序，環環相扣；從被推薦人資格初審、遴委會第一次的個別推薦投票、校務會議代表第二次投票、最後，再由遴委會進行最後之票選，如此的設計，亦可看出台大對於校長遴選過程的重視。
但是，教育部說，詳細檢視此次台大校長遴選的整個過程中，遴委會委員及被推薦人有經濟法律上重大利益未迴避的適法疑慮，台大亦未善盡幕僚單位應有之責任，進而形成對其它被推薦人的偏頗與不公平競爭，同時，亦出現明顕有違背學術誠信規範的情況。
教育部表示，在台大遴委會的會議上，教育部代表提出應注意校長遴選過程中，各階段的完整程序，但遴委會並未正視。
教育部說，學術誠信是建構一所大學的基本原則，但在這次台大校長的遴選過程中，學術倫理、基本誠信並未被彰顯，甚至是被含糊以對；遴委會亦未遵守其自訂之各階段遴選基本準則。
因此，教育部無法接受台大遴委會此次的遴選結果，並駁回台大遴委會的決定，教育要求台大及台大遴委會，要重新在符合其自訂的校長遴選相關規範中，進行完整的推薦及遴選程序後依程序報部。
教育部表示，尊重學術，維護學術自由，建立學術誠信是大學必須具備的基本準則。大學校長是學校的領航人，因此，大學校長的遴聘，當然要接受較高道德標準的檢視。台大是國內高等教育的領頭羊，台大校長必然要接受更嚴苛的檢驗。