2017年1月4日《自由時報》報導：「教改論壇舉行『論文掛名事件與台大的未來』記者會。律師許文華指出，台大雖針對郭明良涉論文掛名造假事件組成特別調查委員會，但依台大過去規定，調查小組可能由醫學院或生科院召集，基於學術界輩份和台大校內長官部屬關係，很難期望其公正性。基於昭公信的角度，該學術倫理委員會召集人不得由台大醫學院或生科院長擔任。前東吳大學校長劉源俊教授表示，近年學術風氣敗壞有幾個原因，包括太注重SCI、SSCI等論文，國家型大計劃掌握在少數人身上，許多還擔任學術主管，造成學閥，不從事研究但掛名，組織『工廠』製造論文。」
台大學術造假案的若干評論回顧
台大調查委員會由學術副校長郭大維教授（台大資工所）擔任召集人，與建議符合。台大校方2017年1月13日公布第一階段調查報告，「疑慮的16篇論文中，僅就2008年、2016年已撤稿的兩篇論文做出結論，認定生化所教授郭明良、博士後研究員查詩婷及台大副院長林明燦三人『違反學術倫理』；至於其他論文真偽性、以及包括校長楊泮池在內捲入疑慮論文的其他學者，僅表示還會繼續調查。」調查報告由於未指楊泮池校長違反學術倫理而受到質疑，因楊校長對郭副校長有任免權。
《民報》2017年2月6日刊出記者黃筱珮的文章〈論文造假、連調查也「虛晃」〉，提到：「曾經參與調查委員會的台大醫學院張智芬教授接受《民報》採訪時表示，調查所犯的最大錯誤是不該由台大自己人來調查，自己人調查會碰到同事的包袱。張智芬指出，應該要做的事情是在委員會決定要處理什麼問題，是要談共同作者中誰只是掛名、造假的內容是誰造成、是不是共同造假？如果是單一造假，而其他作者的責任如何界定？NCB這篇論文因為是2016的論文，所以應該有實驗室的記錄本…. 張智芬表示，她談了這麼多，希望點出的重點是：台大在經歷此次論文造假案後，如何能夠遏止這類嚴重的學術倫理問題，避免下一次再發生…當科學研究之目標很單純的是求真理，造假不會發生…學校應根據犯錯的程度給予應得的懲罰，學校對於這件事情要有一個宣示，以盡到大學對社會道德所負的責任。」
《民報》2017年2月8日更刊出《科學月刊》總編輯、宜蘭大學生物機電工程學系蔡孟利教授的投書〈不要逼學術研究者也走上街頭〉，指出：「台大論文造假案如何處理，絕對是台灣能否從這波學術醜聞中再度振作奮起的指標。事情發展至今已滿三個月，需要大家更聚焦鞭策政府相關部門做出更有力的作為，讓事情能夠真正翻轉到符合公義的一面。以下是我個人的建議：
1.台大的管理階層三個月來，已經自證毫無能力（或毫無意願）處理此一明顯造假的案件，政府部門應立即接手處理台大已無法自理的學術弊案。
2.此事件顯現了台灣在立法上，缺乏有效調查之法源依據，包括調查機構是否有權查扣實驗室相關證物、是否有權詰問相關嫌疑人等。
3.目前對於違反學術倫理者的懲罰，科技部的停權或是教育部關於學位與升等的處罰規定，或許對剛出道的學術新鮮人有警嚇效果，但之於位高權重、早已成名多時的人物則分毫不傷…此案牽涉到鉅額的國家經費虛耗，其中是否有權位交換、利益輸送等違法事項，亦值得檢方以浩鼎案的規格處理。」
以貪汙起訴翁啟惠，檢方做過頭了
有關浩鼎案、我曾經在2016年4月17日寫過一篇〈三星挖井與浩鼎解盲〉的文章在《民報》發表，解釋說其實中研院翁啟惠院長，在浩鼎案開始時講的那一句被認為違反利益迴避的「解盲不過、不代表測試的藥物沒有效果」在科學上是成立的，牽涉的只是提出臨床試驗時目標設定的問題。至於浩鼎案後續的發展則在於，翁啟惠院長是否涉及利益輸送、浩鼎解盲是否資訊透明、翁賣股票是否内線交易等等。我認為目前檢方將翁啟惠院長以貪汙罪起訴是有點做過頭了。因為即使翁院長有道德瑕疵，我也不相信他收受浩鼎董事長張念慈賄賂。因為與他同樣受到起訴的張念慈與翁院長是多年的合作夥伴，而翁所有的股票是在多年前Optimer時期所分得的技術股的延伸，與翁院長在中研院的研究成果無關。我最近也看到有一篇〈翁啟惠是貪污還是被貪污〉的評論文章。倒是NEP2的三星挖井，「牽涉到鉅額的國家經費虛耗，其中是否有利益輸送等違法事項，亦值得檢方以浩鼎案的規格處理」。
我們再來看一下台大論文造假案。本案發展到現在，最受到爭議的部分是台大的調查結果及調查進度緩慢。正好這案子的三方，包括主角郭明良教授、受波及的楊泮池校長、以及這一次特別調查委員會召集人郭大維教授我都熟識。其中郭大維教授與我是台大資訊工程研究所二十年的同事，與楊泮池教授認識則是在2000年我推動生物資訊研究時，主辦研討會請他來演講認識的。事實上目前我們兩個人都還是台大生醫電子與資訊學研究所的教授，他是合聘教授，我因為已經退休，是兼任教授。
台大論文造假案的根本原因
至於郭明良教授，我也曾經寫過文章提到過，我也認識他十多年，我們曾經在一個大型的學界專科研究計畫中共事。我到目前為止還是認為，台大論文造假案是因為，包括郭明良及楊泮池等學界大咖（學閥）拿了太多的研究經費，需要發表高點數期刊論文所造成。他們門下的學生或博士後研究員在一定時間之後要繳交像樣的研究成果。但生醫實驗不見得進行順利，年輕人為求畢業或求職趕業績、而有鋌而走險的造假行為。
我在這篇文章最前面引述一些人對台大論文造假案的評論。大家好像認為論文造假、違反研究倫理這些事，目前的處罰機制對新進人員比較有防偽作用，對學界大咖不會有很大影響。其實這是錯誤的，事實是對於這些大咖像郭明良教授，這個論文造假案的影響更大，幾乎已經弄到聲敗名裂了。我認為郭明良教授是忙太多計畫，對學生督導不周、不是蓄意造假，楊校長更不可能共謀造假。
但是郭教授在博士後研究員造假的論文投稿後，雖然發現有問題自己主動撤稿，這樣還不夠。事件爆發後已經主動向台大請辭教職，而且也辭了高醫大的副校長。這樣還受到各界非議，包括認為他辭職後還繼續領台大的薪水。其實這是不可能發生的，因為郭明良教授在2015年接受高醫大副校長職務由台大借調時，台大就會將他留職停薪，怎麼可能會繼續領台大的薪水呢？至於說台大送出去要申請奬助金的案子還有郭明良教授的名字，這是台大行政人員的疏失。
清水地熱BOT案疑有弊端，更應該調查
我們再來談一下，資訊工程所的郭大維教授主持論文造假調查，為什麼會受到公正性的質疑。其實依我所知、郭教授與楊校長從來沒有學術上的合作。我倒是因為從事生物資訊研究，和他們兩位都有合作的可能。郭大維教授因為研究領域關係，因為他是學資訊的，在領域平衡的考量之下，被楊校長由中央研究院請回，擔任台大學術副校長。但因楊校長可任免郭副校長，因此郭副校長主持的調查給果，公正性受質疑。
我們再來談一下清水地熱的BOT案。在這個BOT案中，嚴重違反程序正義的事情是得標的廠商台灣汽電共生公司（台汽電）是台電公司的子公司，而審標的委員有兩位台電高階主管。一位是台電的電力綜合研究所副所長楊金石，叧一位是台電的蘭陽水力發電廠廠長王進龍，這兩位都是台電的高階主管。而台電公司是台汽電的最大股東，有27%的股權。在2015年台電還曾經下令台汽電不要將已承諾的入股資金匯入澎湖風電公司而使澎湖風電公司解散掉。
此外，台汽電的董事長跟台電的副總經理一向是互換的。例如蔡富豐是一年前從台汽電董事長職務調回台電接任副總經理、李鴻洲則由台電公司副總經理調接台汽電董事長。在這種狀況之下，宜蘭縣政府説BOT案的審查委員不是台汽電的董事，台電及台汽電是不同的公司，因此台電高階主管擔任BOT案審標委員符合利益迴避原則云云，不只是我們投標廠商（包括我們蘭陽地熱資源公司，以及李長榮化工等提出異議的廠商）不能接受，我想社會大眾也是沒有辦法認同接受的（詳見《民報》2016年12月20日拙文，〈台電評審護航球員兼裁判 使台汽電成為清水BOT案得標者〉）。
在宜蘭縣政府公告台汽電得標之後，我們選擇正常的法律途徑，向宜蘭縣政府提出異議，但異議立即被宜蘭縣政府駁回。目前這個案子已經上訴到BOT案主管機關財政部的訴願委員會，因為BOT案是適用財政部主管的促參法（促進民間參與公共建設法）。我們希望財政部的訴願委員會能夠秉公處理，以主持社會公義的原則，以及審查委員應該要利益迴避不能球員兼裁判的原則，來處理這件事情，使得這個BOT案能夠重新審查。若清水地熱BOT案能重審，我們建議宜蘭縣府應該擴大審標委員人數，使這個台灣第一個地熱發電廠的BOT案，能在符合社會公義的原則、不需要政府預算資源的情況下，得到最佳的解決。
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