台大臨時校務會議今天（12日）決議，要求教育部依大學法等規定，處理台大校長遴選結果，「盡速發聘」。教育部晚間回應說，要求台大儘速重啟遴選程序，就是希望儘速處理校長聘任案，重要的是，重啓遴選程序補正瑕疵，能成就遴選公平公正，平息校園紛擾的現象。
教育部在晚間發布新聞稿表示，尊重台大臨時校務會議今天針對校長遴選事宜的討論。但台大校長遴選過程的程序瑕疵，並非經這次校務會議討論後即獲得補正；教育部提醒台大應依法儘速促請遴委會重啟遴選程序，補正瑕疵。校務會議今天的決議，也可以一併提供遴委會參考。
教育部指出，大學法第1條明定，大學係在法律規定範圍內享有自治權，對於國立大學校長遴選事宜，教育部、學校及遴委會均須依大學法、教育人員任用條例及校長遴選相關法規審慎執行。教育部的適法性監督，也不會影響大學自治所保障的學術講學、研究自由。
教育部表示，台大臨時校務會議表達出儘速處理校長聘任案的期盼，與教育部以符合正當行政程序原則，要求儘速重啟臺大校長遴選程序，所做的努力並無不同。但更重要的是，重啓遴選程序補正瑕疵，能成就遴選公平公正，平息校園紛擾的現象。
教育部說，台大在臨時校務會議表現其自主期待後，應即「依法行政」，督促遴委會依主管機關教育部的意見，處理校長遴選相關事宜。