囚犯困境理論，就是陳水扁執政最後一年時，擔任陸委會主委的陳明通對台灣政治情境分析的形容詞。陳明通在蔡英文擔任陸委會主委期間，於其麾下擔任四年首席副主委兼發言人，卸任後又重回台大擔任教授，學官兩棲。他認為，北京當局長期以來，藉由所謂的「台獨議題」分化台灣社會，進而在台灣內部建立了「反獨促統聯合陣線」，使得台灣社會不自覺地陷入了北京所刻意創設營造的「囚犯困境」。
陳明通比喻說，依據「囚犯困境」的理論模式，北京就像是「警察」，台灣藍綠陣營都是其「囚犯」，為了幫助台灣跳脫北京當局對政治議題所設置的政治困境，他希望透過「中華民國就是台灣」的現實政治論述，凝聚藍綠政黨的共識，要北京當局給「中華民國」一個說法。他認為，唯有北京當局務實面對中華民國存在的現實，兩岸問題才有可能獲得真正的解決。
問題在於，中國認定「中華民國」已被消滅，中國絕不可能把「中華民國」當成一個國家。中國之所以容許中國的殘餘勢力在台灣，只是讓國民黨看住台灣，避免台灣走向獨立之路。而國民黨現在與共產黨聯手，獨占與共產黨對話管道，並不是把共產黨當作「警察」，也不是當作「敵人」，而是當作施恩讓利的「恩人」。國民黨寧願把台灣人當成「乞丐」，向中國恩人乞憐討飯，馬政府一群「丐幫」，急切向中國磕頭，一意孤行通過「兩岸服貿協議」就是這種心態。全世界民主國家都警告台灣不要與專制獨裁的中國走得太近，但是同屬中國的國民黨卻置若罔聞。國民黨不必「凝聚藍綠政黨的共識」，就可暢行無阻，與中國暗盤交易。
審視馬英九連任就職演說，老調重彈「憲法一中兩區」，將中國內部爭議扯上不屬於中國的台灣，擺明要迎合中國吃定台灣，絕非要確保台灣的安全。台灣是台灣人民永久生存的土地，是先人流血流汗所開拓締造，不是外來政權的殖民地。把「中華民國在台灣」久而久之變成「中華民國是台灣」，自囚於「一中架構」下，無法自拔，絕非台灣人民之福。台灣人民不能受「囚徒理論」所惑，台灣人民必捍衛、守護台灣，以防馬英九跨海政商集團將台灣推向「終極統一」之路。
2012年大選期間，蔡英文提出「中華民國是台灣、台灣是中華民國」，恐怕有陳明通的影子在裡頭。蔡英文強調，她的中華民國認知，管轄範圍僅台澎金馬，不是國民黨認知的秋海棠，因為未將中華民國虛妄性告知台灣人民，顯然未獲得多數台灣人民的共識。民進黨智囊為化解藍綠歧見，走中間路線，擁抱「中華民國」，借殼上市，國民黨並不領情，何況是北京當局。
國民黨流亡政府與北京當局唱和「一個中國」「九二共識」，獨占與北京當局對話管道，不讓民進黨有插手空間。北京當局以高姿態再三強調，民進黨如果不承認「同屬一中」「九二共識」，就沒有對話基礎，難道民進黨還要熱臉貼冷屁股，自討無趣。除非民進黨甘願步國民黨後塵，修改台獨黨綱及＜台灣前途決議文＞，認同「一中原則」，否則恐怕門都沒有。陳明通在蔡英文敗選後，似乎仍未改變「囚犯困境」理論，重新思考與北京當局如何建立「進一步」關係。
前年陳明通參加「台北會談」，老調重彈「對岸要正視中華民國」、「中華民國事實存在」，又引起爭議。這句話如果是事實陳述，中華民國流亡政府確實存在台灣，只是已被國際社會除名，沒有正當性與合法性，無法走出「國」門，沒有國際地位與身分，台灣不可能掛著「中華民國」名號成為主權獨立的國家。如果是價值判斷，民進黨要認同中華民國，就真的陷台灣於囚犯困境中，台灣永遠是中國「警察」的「囚犯」，要受制、聽命於中國。
民進黨試圖為中華民國找出路，欲藉「囚犯困境」凝聚藍綠共識，無異緣木求魚。民進黨為了選票考量，欲取得執政，享受權力滋味，有意誤導台灣人民，合理化「中華民國」統治，背棄台灣獨立建國理想。長期以來，未見民進黨黨主席蘇貞昌提出具體的中國政策，他的「中國加一」、「沙灘之鷗」就被同黨另一要角批評為「不知所云」，有人認為是務實的「蘇修」開放政策。
作為一個帶領人民、負責任的政黨，實在有義務告訴人民，台灣真實的情況。依據＜舊金山和約＞，日本放棄台灣主權，台灣地位未定，「中華民國」與「中華人民共和國」都不擁有台灣主權，台灣與中國無關。民進黨如果尾隨國民黨，日漸國民黨化，最後一里路，恐怕越走越艱辛。
台灣只是被中華民國殖民體制所統治，台灣主權屬於全體台灣人民，根據聯合國憲章，台灣住民有自決的權利，台灣的前途要由全體台灣人民自己決定。民進黨應為「台灣」而非為「中華民國」謀求出路，困在「中華民國」囚牢裡，走不出台灣自己的道路，台灣就毫無前途可言。台灣人應有志氣，齊心協力，破除「中華民國是台灣」的囚犯困境，訴諸國際社會，台灣不是中國的一部分，終結中華民國體制，追求台灣獨立自主，不容中國任意干涉、侵略。台灣要與世界各國立於平等地位，維護台灣人的尊嚴，這才是台灣唯一的活路。