台大校長遴選爭議不斷，已換了2位教育部長，行政院長賴清德今（6）日受訪時表示，台大校長遴選跟大學自治範疇是不同的，強調要依法行政，遴選程序如果有問題，做為主管機關的教育部要有道德勇氣跟法律責任表示意見。
賴清德今天接受YAHOO TV專訪時表示，大家都知道，民進黨是民主進步的價值，「這些價值一直在我們心裡」，台灣有許多民主運動前輩，推動台灣民主的進步，其中一個內涵就是大學自治。民主，就是在民主政治下，要尊重大學的治理，但是就台大校長遴選與大學自治的範疇，例如教學、研究，其實是不同的。
賴清德指出，台大校長案，單位組織上的人事決定，依照法令教育部是有權利、也有責任監督，這並沒有踰越大學自治的範圍，目前這個權責是屬於教育部的。
賴清德說，教育部之前發給台大的公文指出，在遴選過程中資訊沒有充分揭露，因為只有台大知道，哪一個候選人是有需要利益迴避的問題，也知道哪一個遴選委員有需要利益迴避，其他人都不會知道，但根據教育部所發的公文，在遴選過程中，台大沒有盡到這個責任，以至於影響到其他校長參選人的權益，所以請它重新遴選。
他提到，台大案大概目前就是這樣，新教育部長葉俊榮上任後，他認為台大是執台灣學術之牛耳，應該要盡快要有校長，才不致於影響學生的權益，所以他現在花了很多的功夫跟台大校長的遴選委員會溝通，也找了召集人去跟台大代理校長見面討論，如何解決這個人事問題，都希望在法治基礎上。
至於管案是否被放大、會不會影響年底選舉？賴清德回應，像這種事情最好不要發生，不要說對執政黨，對台灣社會最好都不要發生，但是當發生時，政府還是要面對，最好的依據就是依法行政，尊重大學自治範疇，人選適不適合，由台大跟遴選委員決定，但遴選程序如果有問題，做為主管機關的教育部，還是要有道德勇氣和法律責任表示意見。