行政院23日召開跨部會會議，會後宣布由華航接手興航所有航權，晚間華航也發佈重訊表示，依交通部指示，將接手興航包括國際、國內花東以及離島航線。但交通部民航局解釋，目前優先以興航獨營航線，針對台北花蓮以及台中花蓮航線，最遲12月1日由華航接手，金門馬公航線以包機團體旅遊為主，有需求將協調立榮航空輸運，另外國際線部分，因興航航線多為開放天空，各航空業者有需求都可申請開航或增班，但兩岸航線部分，華航雖有意願，但仍得依航權分配辦法，各航空公司都可申請分配。
行政院23日宣布跨部會會議決議，將以《民航法》要求華航協助復興所有航線，但交通部隨即說明請華航接手是國內線的北花以及中花航線及離島航線，引發是否交通部與政院說法不一。而華航晚間發佈重大訊息也表示，按照受交通部以《民航法》第59、60條規定，從12月1日起，除金門飛澎湖的航線外，接手復興航空包括國際線和國內的花東、離島等部分航線，以短期內解決大眾輸運問題，保障旅客權益；相關執行細節將進一步與交通部民航局研議辦理。
到底是政院以及華航所說的接手興航全部航線，亦即興航國際、國內與離島航線，還是交通部所說的北花與中花航線，讓不少媒體問號滿天飛。
晚間民航局解釋，因其他國內航線多有其他航空公司飛航，因此主要是委請華航接手興航國內線台北－花蓮、台中－花蓮及金門－馬公等興航的獨家經營航線，但因金門－馬公部分因航程很短，華航集團並無適當機型，加上是包機，民航局將與立榮航空協調，視需求提供飛航服務。
而國際線方面，因目前復興的國際航點都屬開放天空的航點，任何航空公司都可申請，如果華航願申請，民航局也樂見其成。
但復興航空兩岸航線部分，華航雖在會議上也表達有意願接手，但仍要依航權分配辦法，其他航空公司也可以一同申請分配。
民航局指出，目前已對興航違法停航開罰300萬元，若興航仍不改善，可視為情節最晚年底前可以強制收回航線，盡速進行航權分配，開放其他業者申請開航，或者復興航空自動繳回航線，民航局也可立刻著手推動航線分配。