有台中地院強制處分專庭的法官，審查警方聲請搜索票時，發現有利用簡訊實聯制以找尋犯罪嫌疑人行蹤之情事，遂質疑中央疫情指揮中心一再強調，簡訊實聯制不會用於防疫之外的說法。惟檢警則稱，取得這些資訊，都是依據通訊保障及監察法的規定，絕無逾越法律之界限。關於此爭議，到底問題出現哪？
關於手機的任何簡訊，因屬通保法第3條第1款的通訊範疇，故若要取得其內容，原則上，就得依據通保法第5條第2項的規定，由檢察官向法院聲請核發通訊監察書，司法警察就可因此取得通訊內容。
只是簡訊實聯制，乃是用於發生新冠肺炎確診個案時，藉此迅速掌握其足跡，亦同時確定有多少接觸者。故其並無所謂通訊內容，只是在紀錄使用者的位置，故屬通保法第3條之1條第1項的通信記錄，致為個人資訊保障的範疇。而依通保法第11條之1第2項，司法警察若為調查最重本刑三年以上有期徒刑之罪，認有必要與關連性，在得檢察官同意後，即可向法院聲請核發調取票。
以此次引發爭端的案件來說，因涉及刑法第339條之4第1項第3款，即一到七年有期徒刑的電信詐欺罪，自屬可調取通信記錄票的範疇。故刑事局國際科在取得檢察官許可，且向法官聲請核發調取票後，以此向電信業者調閱涉嫌者的相關資料。而這其中，自然也會包括這一個月來，被大量使用的實聯制資訊。
故檢警所取得的個人資料，從因果的連結來看，確實不是由中央疫情指揮中心所提供，且現行法制也無調取通信紀錄必須排除疫調資料之明文。故於形式上，取得實聯制的個資，似無任何違法之處，但於實質上，卻與政府所宣稱簡訊實聯制僅為疫調之用，有明顯落差，也是法官所指摘之處。
雖然，看似不起眼的簡訊實聯制，看似對個人隱私無侵害，但在疫情緊張之時刻，出入任何場所都必須為登錄，藉由這些點與點的連結，即可勾勒出個人非常完整的行蹤，即所謂馬賽克理論。故司法警察，先藉由取得通信紀錄的調取票，而毫無保留的取得所有手機的通信紀錄，尤其是目前被大量使用的簡訊實聯制，確實可掌握涉嫌者的行蹤，若因此進一步聲請搜索票，顯然就逾越了當初設計此系統的目的，於實質上來說，顯然就有目的外使用的極大疑慮。
事實上，從去年嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例通過，並於上月再延長一年期間，最為人所詬病者，即是第7條授權給中央疫情指揮中心的應變措施過於廣泛。也因此，為防疫所為的監控、疫調，甚至因此所得個資可否為目的外使用、何時註銷等等，皆來自於概括授權而乏具體的法律規範，致必須儘速為檢討。
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