陸委會前副主委張顯耀原以母親身體欠安為由請辭，隔了一天，他又主動爆料，表明辭職是被長官逼退。陸委會不甘示弱，挑明張顯耀「因工作上有一些疑點有待釐清，必須調離現職接受調查」。事情演變令人大開眼界，也為馬政府的國安運作揑了一把冷汗。
張顯耀擔任陸委會特任副主委身兼海基會秘書長，是主責兩岸談判的首席代表，職務涉及國家安全與兩岸業務，既敏感又都隸屬於總統職掌，去職原因耐人尋味。馬英九當初任命國安系統出身的張顯耀出任陸委會副主委時，外界研判主要是為推動APEC「馬習會」而來，張突然下台，意味「馬習會」宣告破局。
但國人更關切的是，張主責兩岸談判期間，到底踩到那些政治紅線，損害台灣那些利益，嚴重到非下台不可？媒體報導，張作風強勢，常先允諾對方後才回頭向國安高層回報，先斬後奏讓高層不悅，認為有逾越分際之嫌，實情如何，國人有權了解。府院高層必須明告國人，張到底曾允諾對方什麼條件？對台灣造成何種損害？已簽署的兩岸協議當中，有那幾件是因張的先斬後奏，台灣被迫硬吃下來？老實說，陸委會的指控已涉及法律層面，不是長輩欠安、同僚失和這類冠冕堂皇的鬼話所能搪塞呼攏。
六月下旬中國台辦主任張志軍來台，張顯耀對警方維安不周大發雷霆，引發爭議，有人推測是他下台的原因之一。也有消息指出稱，張與陸委會主委王郁琦不和被迫去職。但陸委會既明白表示張是因「工作疑點」有待釐清，必須調離現職接受調查，顯非和長官不合所能完全解釋。陸委會副主委兼海基會秘書長，是台灣首席談判代表，承擔無比重任，但高孔廉、張顯耀半年內相繼去職，馬政府視兩岸談判如兒戲，台灣安全剉咧等，這才是最讓人憂心的課題。